9cze

High-Resolution Structure of Human DHODH for Molecular Replacement in Fragment Screening Campaign

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 59.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9cze

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9cze
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9cze
沉积日期 deposition_date2024-08-05
最后修订 last_revision2025-10-29
结构标题 titleHigh-Resolution Structure of Human DHODH for Molecular Replacement in Fragment Screening Campaign
关键词 keywordsCrystallographic Fragment Screening, fragment-free protein, ligand identification., OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.94
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.65
零角强度 I(0) i025231100.00
分子量 molecular_weight38134.0 kDa
排除体积 excluded_volume47671 ų
包络体积 envelope_volume53460 ų
水化壳体积 shell_volume22856 ų
包络直径 envelope_diameter61.3
壳层 Rg shell_rg26.02
包络 Rg envelope_rg19.00
形状 Rg shape_rg18.62
总 Rg total_rg19.66
总原子数 total_atoms2682
残基数 n_residues349
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax59.8
Rg (实空间) rg_real19.74
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.22
I(0) (实空间) i0_real2.5230e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.7240e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.77
I(0) (倒空间) i0_reciprocal25230000.0000
解质量估计 total_estimate0.8991
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.3
偏度 Skewness skewness0.031
峰度 Kurtosis kurtosis-0.532
角度范围 angular_range— – 0.4000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6863000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.915; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.963

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (8)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)