9d1k

The alpha-E7 carboxylesterase from Anopheles gambiae

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 144.1 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9d1k
沉积日期 deposition_date	2024-08-07
结构标题 title	The alpha-E7 carboxylesterase from Anopheles gambiae
关键词 keywords	insect esterase, carboxylesterase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.30 Å
零角强度 I(0) i0	833964000.00
分子量 molecular_weight	241130.0 kDa
排除体积 excluded_volume	302400 Å³
包络体积 envelope_volume	389910 Å³
水化壳体积 shell_volume	73315 Å³
包络直径 envelope_diameter	144.8 Å
壳层 Rg shell_rg	49.24 Å
包络 Rg envelope_rg	42.75 Å
形状 Rg shape_rg	43.31 Å
总 Rg total_rg	43.54 Å
总原子数 total_atoms	17003
残基数 n_residues	2134
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	144.1 Å
Rg (实空间) rg_real	44.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.2770e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3450e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	834000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7095
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	56.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.389
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.254
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.8160
最高正则化参数 α highest_alpha	219400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.914; Stabil: 0.904; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.790

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (14)

Entity 1 polymer

描述 description	Carboxylic ester hydrolase
分子量 formula_weight	60194.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	18024

MANSELIVSTGYGPVQGTARTSLYGTGYVSFQGIPYAKPPVGELRFKDPTPPENWTQVLDCTEQCDPCFHFDRRVNKIVGSEDSLRLNIFSKTIKPTKPLPVMVYIYGGGFVEGTSGTELYGPDYLIEKDIVLVTLNYRVGALGFLCCQSPTAGVPGNAGLKDQRLALRWVRDNIASFGGDPSAITLFGHSAGGASVQYHTIADASKNLFQRAIIMSGSTMCSWALTPQRNWPEKLAKAIGWQGEGDEEAALQYLRQASPESIVDHQEKLFGPQEIQEGLLSPFAPTIEPYESEVCFIPRSPFEMSRTAWGNSIDIMIGGTSEEGLILLPKVKPQLPSMLQDPRLFVGNVPFHLKLSLEQRMAFGEQLKQLYYPDSNPSIDNLDGFVNMASDRIFWHDLHRTILARANYACTAKTFVYRFCVDSPFFNHYRIHMVDPNARGTSHADEISYLFSNIFAKPLDKSTLEYRAIQHLVDIFTSFATNSDPNCDSTASLSWTAVPKTAPPYNCLNISNDGVEVVELPESRRLQLWDSFYVNDALF

来源 Source

来源生物 organism	Anopheles gambiae
通用名 common_name	African malaria mosquito
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7165
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Carboxylic ester hydrolase
分子量 formula_weight	60220.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

来源 Source

来源生物 organism	Anopheles gambiae
通用名 common_name	African malaria mosquito
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7165
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Carboxylic ester hydrolase
分子量 formula_weight	60207.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

来源 Source

来源生物 organism	Anopheles gambiae
通用名 common_name	African malaria mosquito
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7165
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Carboxylic ester hydrolase
分子量 formula_weight	60220.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

来源 Source

来源生物 organism	Anopheles gambiae
通用名 common_name	African malaria mosquito
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7165
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 non-polymer

描述 description	3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL
分子量 formula_weight	326.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 non-polymer

描述 description	3,6,9,12,15,18,21,24,27-NONAOXANONACOSANE-1,29-DIOL
分子量 formula_weight	458.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 11 non-polymer

描述 description	HEXAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	282.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 12 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 13 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 14 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	956

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	87.517 Å
晶胞边长 b length_b	108.119 Å
晶胞边长 c length_c	115.623 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.38 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.790 Å
最低分辨率 resolution_low	48.790 Å
R 因子 r_factor	0.2085
R_work r_work	0.2067
R_free r_free	0.2429

fit	/app/data/saxs_computation/d1/9d1k/9d1k.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d1/9d1k/9d1k.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d1/9d1k/9d1k.dat

The alpha-E7 carboxylesterase from Anopheles gambiae

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (14)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

Entity 14 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)