9d2x

SpiD ETS-domain (168-273) in complex with the DNA sequence d(AATAAAAGGAAGTGGG)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 77.5 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9d2x
沉积日期 deposition_date	2024-08-09
最后修订 last_revision	2024-10-30
结构标题 title	SpiD ETS-domain (168-273) in complex with the DNA sequence d(AATAAAAGGAAGTGGG)
关键词 keywords	transcription factor, protein-DNA complex, ETS family, ETS, PU.1, TRANSCRIPTION-DNA complex, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.59 Å
零角强度 I(0) i0	46864800.00
分子量 molecular_weight	40808.0 kDa
排除体积 excluded_volume	45746 Å³
包络体积 envelope_volume	60236 Å³
水化壳体积 shell_volume	22061 Å³
包络直径 envelope_diameter	80.7 Å
壳层 Rg shell_rg	29.66 Å
包络 Rg envelope_rg	23.54 Å
形状 Rg shape_rg	23.50 Å
总 Rg total_rg	24.38 Å
总原子数 total_atoms	5020
残基数 n_residues	240
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	77.5 Å
Rg (实空间) rg_real	25.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.6860e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.1840e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	46870000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9121
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.216
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.687
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2401000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.970; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.972

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APAPTPAPAPAPAPGPGPAPAPGPTPGPGPG)-3') ;
分子量 formula_weight	5044.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,A
原子数 atom_count	5064

AATAAAAGGAAGTGGG

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPCPCPCPAPCPTPTPCPCPTPTPTPTPAPT)-3') ;
分子量 formula_weight	4750.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,B

TCCCACTTCCTTTTAT

Entity 3 polymer

描述 description	SpiD
分子量 formula_weight	12902.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,E

MGVRKKVRLYQFLLELLKNGDMRDCVWWVDREKGTFQFSSKHKEMLAHRWGMQKGNRKKMTYQKMARALRNYGKTGEIRKIKKKLTYQFDGMLLGQKKSECKTSYMP

来源 Source

来源生物 organism	Raja eglanteria
通用名 common_name	clearnose skate
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	33514
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	44

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	36.934 Å
晶胞边长 b length_b	42.939 Å
晶胞边长 c length_c	62.534 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	79.21 °
晶胞夹角 β angle_beta	81.53 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	76.19 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.290 Å
最低分辨率 resolution_low	32.350 Å
R 因子 r_factor	0.2256
R_work r_work	0.2207
R_free r_free	0.2702

fit	/app/data/saxs_computation/d2/9d2x/9d2x.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d2/9d2x/9d2x.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d2/9d2x/9d2x.dat

SpiD ETS-domain (168-273) in complex with the DNA sequence d(AATAAAAGGAAGTGGG)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)