SAXSdb — 9d32

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9d32
沉积日期 deposition_date	2024-08-09
结构标题 title	Structure of the HKU5 RBD bound to the P. abramus ACE2 receptor
关键词 keywords	;MERS-related HKU5 coronaviruses, MERSr-CoV, Spike glycoprotein, fusion protein, Pipistrellus abramus ACE2, Structural Genomics, Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease, SSGCID, inhibitor, VIRAL PROTEIN-HYDROLASE complex ;; VIRAL PROTEIN/HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.08 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.54 Å
零角强度 I(0) i0	115974000.00
分子量 molecular_weight	86869.0 kDa
排除体积 excluded_volume	109170 Å³
包络体积 envelope_volume	140370 Å³
水化壳体积 shell_volume	39346 Å³
包络直径 envelope_diameter	108.3 Å
壳层 Rg shell_rg	36.84 Å
包络 Rg envelope_rg	30.17 Å
形状 Rg shape_rg	30.53 Å
总 Rg total_rg	31.18 Å
总原子数 total_atoms	6130
残基数 n_residues	778
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.9 Å
Rg (实空间) rg_real	31.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1600e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7900e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.10 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	116000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8766
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.448
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.073
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18930000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.854; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.837

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Angiotensin-converting enzyme
分子量 formula_weight	89172.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6130

MPMGSLQPLATLYLLGMLVASVLAQYTTEEEARRFLVKFNHEAENLSHESALASWDYNTNITDENAKKMNEADNKWSDFYKEQSKIAQGFPLQEIKDPIIKLQLQILQQNGSSVLTAEKRKRLSTILTTMSTIYSTGKVCNPNNPQQCFTLSGLEDIMEKSKDYHERLWVWEGWRSEVGKQLRPLYEEYVELKNEMARGNNYKDYGDYWRGDYETEGEKGYNYSRNYLMEDVDRIFLEIKPLYEQLHAYVRAKLMKAYPSHISPTGCLPAHLLGDMWGRFWTNLYNLTVPLEKEPNIDVTDTMKKQSWDAEKIFKEAEKFYSSVGLPNMTPGFWRDSMLTEPSDGRQVVCHPTAWDLGKNDFRIKMCTKVTMDDFLTAHHEMGHIQYDMAYANQSYLLRNGANEGFHEAVGEVMSLSVATPKHLKGMGLLPSDFSENNETEINFLLKQALTIVGTLPFTYMLEKWRWMVFEGKIPKEQWMEKWWEMKREIVGVVEPLPHDETYCDPASLFHVANDYSFIRYFTRTILEFQFQEALCRTAKHQGPLHKCDISNSTEAGKKLNDMLKLGKSTPWTYALEKIAETKEMDAKPLLNYFNPLFRWLKEQNGNSVGWSVDSSPYSNQSIKVRISLKSALGEKAYEWNENEMYLFQSSVAYAMRVYFLKAKNESIPFRAEDVRVSDEKKRVSFKFFVTSPTNMSDIIPRSEVEDAIRMSRSRINDAFRLDDNTLEFLGLVPRGSSSGGSGLNDIFEAQKIEWHEGGSHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Pipistrellus abramus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	105295
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Spike glycoprotein
分子量 formula_weight	29224.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGILPSPGMPALLSLVSLLSVLLMGCVAETGTQECDFTPMLTGTPPPIYNFKRLVFTNCNYNLTKLLSLFQVSEFSCHQVSPSSLATGCYSSLTVDYFAYSTDMSSYLQPGSAGEIVQFNYKQDFSNPTCRVLATVPQNLTTITKPSNYAYLTECYKTSAYGKNYLYNAPGGYTPCLSLASRGFSTKYQSHSDGELTTTGYIYPVTGNLQMAFIISVQYGTDTNSVCPMQLVPRGSSSGGSGLNDIFEAQKIEWHEGGSHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Pipistrellus bat coronavirus HKU5
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	694008
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 branched

描述 description	alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	367.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/d3/9d32/9d32.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d3/9d32/9d32.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d3/9d32/9d32.dat

Structure of the HKU5 RBD bound to the P. abramus ACE2 receptor

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 branched

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)