9d3j

Structure of L9 Fab in complex with CSP_Res5-Y_mC2 Scaffold

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 128.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9d3j
沉积日期 deposition_date	2024-08-10
结构标题 title	Structure of L9 Fab in complex with CSP_Res5-Y_mC2 Scaffold
关键词 keywords	anti-malarial antibody complex with PfCSP scaffold, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.99 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.69 Å
零角强度 I(0) i0	132737000.00
分子量 molecular_weight	91791.0 kDa
排除体积 excluded_volume	114380 Å³
包络体积 envelope_volume	173970 Å³
水化壳体积 shell_volume	38479 Å³
包络直径 envelope_diameter	129.9 Å
壳层 Rg shell_rg	43.55 Å
包络 Rg envelope_rg	37.81 Å
形状 Rg shape_rg	38.70 Å
总 Rg total_rg	38.98 Å
总原子数 total_atoms	6469
残基数 n_residues	852
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	128.8 Å
Rg (实空间) rg_real	39.06 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3270e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5020e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	132700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8906
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	37.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.220
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.708
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9810000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.923; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.929; Smooth: 0.876

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	PfCSP_Res5-Y_mC2 Scaffold
分子量 formula_weight	6472.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D
原子数 atom_count	6469

AVEDALKKAEAAGDEAAIARAEILLARVEEAREILANPNVDPAVGWALLAAVAPEIAALAGGSY

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium (Plasmodium)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	418103
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	L9 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	24107.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E

QVKLVESGGGVVQPGRSLRLSCEASGFIFSTYGMHWVRQAPGKGLEWVAVIWFDGSNIYYADSVKGRFTISRDNSKNTVFMQMDSLRAEDTAVYYCHRNFYDGSGPFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 3 polymer

描述 description	L9 Fab light chain
分子量 formula_weight	23597.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

DIQMTQSPSTLSASVGDRVTITCRASQFISRWLAWYQQKPGKAPKLLIYKASSLESGVPSRFSGSGSETHFTLTISSLQPDDVATYYCQEYTSYGRTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	119.936 Å
晶胞边长 b length_b	119.936 Å
晶胞边长 c length_c	217.696 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	3.500 Å
最低分辨率 resolution_low	26.900 Å
R 因子 r_factor	0.2771
R_work r_work	0.2723
R_free r_free	0.3225

fit	/app/data/saxs_computation/d3/9d3j/9d3j.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d3/9d3j/9d3j.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d3/9d3j/9d3j.dat

Structure of L9 Fab in complex with CSP_Res5-Y_mC2 Scaffold

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)