9d5h

Crystal structure of the ILK mutant (R371Q)/alpha-parvin core complex bound to gefitinib

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 79.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9d5h
沉积日期 deposition_date	2024-08-13
最后修订 last_revision	2025-10-29
结构标题 title	Crystal structure of the ILK mutant (R371Q)/alpha-parvin core complex bound to gefitinib
关键词 keywords	Pseudokinase, Inhibitor, Complex, Scaffolding, Drug, CELL ADHESION, TRANSFERASE-INHIBITOR complex; TRANSFERASE/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.16 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.35 Å
零角强度 I(0) i0	33532700.00
分子量 molecular_weight	45928.0 kDa
排除体积 excluded_volume	58077 Å³
包络体积 envelope_volume	69609 Å³
水化壳体积 shell_volume	25215 Å³
包络直径 envelope_diameter	82.4 Å
壳层 Rg shell_rg	30.01 Å
包络 Rg envelope_rg	23.49 Å
形状 Rg shape_rg	23.32 Å
总 Rg total_rg	24.24 Å
总原子数 total_atoms	3230
残基数 n_residues	395
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.1 Å
Rg (实空间) rg_real	24.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3530e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.1220e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	33530000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8931
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.334
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.361
角度范围 angular_range	— – 0.3300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9688000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.879; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.981

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Integrin-linked protein kinase
分子量 formula_weight	30942.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
突变 mutation	C346S, R371Q, C422S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3553

MNKHSGIDFKQLNFLTKLNENHSGELWKGRWQGNDIVVKVLKVRDWSTRKSRDFNEECPRLRIFSHPNVLPVLGACQSPPAPHPTLITHWMPYGSLYNVLHEGTNFVVDQSQAVKFALDMARGMAFLHTLEPLIPRHALNSRSVMIDEDMTARISMADVKFSFQSPGRMYAPAWVAPEALQKKPEDTNRQSADMWSFAVLLWELVTREVPFADLSNMEIGMKVALEGLRPTIPPGISPHVSKLMKICMNEDPAKRPKFDMIVPILEKMQDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Alpha-parvin
分子量 formula_weight	14843.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GSHMDAFDTLFDHAPDKLNVVKKTLITFVNKHLNKLNLEVTELETQFADGVYLVLLMGLLEGYFVPLHSFFLTPDSFEQKVLNVSFAFELMQDGGLEKPKPRPEDIVNCDLKSTLRVLYNLFTKYRNVE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	Gefitinib
分子量 formula_weight	446.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	282.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	323

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	44.154 Å
晶胞边长 b length_b	118.355 Å
晶胞边长 c length_c	47.452 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.82 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	30.260 Å
R 因子 r_factor	0.1968
R_work r_work	0.1954
R_free r_free	0.2239

fit	/app/data/saxs_computation/d5/9d5h/9d5h.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d5/9d5h/9d5h.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d5/9d5h/9d5h.dat

Crystal structure of the ILK mutant (R371Q)/alpha-parvin core complex bound to gefitinib

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)