9d5w

Crystal Structure of the Substrate Binding Domain Protein of the ABC Transporter PBP2_YxeM from Vibrio cholerae

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 136.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9d5w
沉积日期 deposition_date	2024-08-14
最后修订 last_revision	2024-08-28
结构标题 title	Crystal Structure of the Substrate Binding Domain Protein of the ABC Transporter PBP2_YxeM from Vibrio cholerae
关键词 keywords	;type 2 periplasmic binding protein fold, ABC transporter, CSBID, Structural Genomics, Center for Structural Biology of Infectious Diseases, TRANSPORT PROTEIN ;; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.95 Å
零角强度 I(0) i0	740566000.00
分子量 molecular_weight	227520.0 kDa
排除体积 excluded_volume	285480 Å³
包络体积 envelope_volume	395860 Å³
水化壳体积 shell_volume	70443 Å³
包络直径 envelope_diameter	142.9 Å
壳层 Rg shell_rg	50.99 Å
包络 Rg envelope_rg	46.06 Å
形状 Rg shape_rg	46.95 Å
总 Rg total_rg	47.10 Å
总原子数 total_atoms	16018
残基数 n_residues	2043
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	136.6 Å
Rg (实空间) rg_real	47.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.00 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.4060e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3170e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	740600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8462
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	49.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.164
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.736
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	82960000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.999; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.002

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding portion
分子量 formula_weight	25661.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I
原子数 atom_count	16666

SATVQAATEVKVGMSGRYFPFTFVKQDELQGFEVDVWNEIGKRNDYKVEFVTANFSGLLGLLETGRIDTISNQITITDARKAKYLFSDPYVIDGAQITVRKGNEAIKGIDDLAGKTVAVNLGSNFEQLLRNHDKDGKINIKTYDTGIEHDVALGRADAFVMDRLSALELIEKTGLPLQLAGSPFETIENAWPFVNNEKGQQLQGEVNKALAAMRADGTLSQIALKWFGTDISQ

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243277
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	S-1,2-PROPANEDIOL
分子量 formula_weight	76.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

Entity 4 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 5 non-polymer

描述 description	R-1,2-PROPANEDIOL
分子量 formula_weight	76.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	648

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	118.044 Å
晶胞边长 b length_b	105.816 Å
晶胞边长 c length_c	118.124 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	119.92 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	59.110 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1938
R_free r_free	0.2285

fit	/app/data/saxs_computation/d5/9d5w/9d5w.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d5/9d5w/9d5w.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d5/9d5w/9d5w.dat