9d9w

Mycobacteriophage Bxb1 C1 Capsid and Portal - Composite map and model

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 299.6 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9d9w
沉积日期 deposition_date	2024-08-21
结构标题 title	Mycobacteriophage Bxb1 C1 Capsid and Portal - Composite map and model
关键词 keywords	Bacteriophage, Mycobacteriophage Bxb1, capsid, portal, VIRUS, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	— Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	108.70 Å
零角强度 I(0) i0	47752000000.00
分子量 molecular_weight	1850300.0 kDa
排除体积 excluded_volume	2306600 Å³
包络体积 envelope_volume	4313900 Å³
水化壳体积 shell_volume	330700 Å³
包络直径 envelope_diameter	360.2 Å
壳层 Rg shell_rg	96.81 Å
包络 Rg envelope_rg	108.70 Å
形状 Rg shape_rg	108.70 Å
总 Rg total_rg	108.60 Å
总原子数 total_atoms	257618
残基数 n_residues	17270
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	299.6 Å
Rg (实空间) rg_real	105.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.04 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.5760e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.5280e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	105.10 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	47180000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9097
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	128.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.289
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.558
角度范围 angular_range	— – 0.0700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.3220
最高正则化参数 α highest_alpha	3495000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	15
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.001; Oscil: 0.999; Stabil: 0.958; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.959; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Major capsid protein
分子量 formula_weight	41875.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	30

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Aa,Ab,Ac,Ad,Ae,Af,Ba,Bb,Bc,Bd,Be,Bf,Ca,Cb,Cc,Cd,Ce,Cf,Da,Db,Dc,Dd,De,Df,Ea,Eb,Ec,Ed,Ee,Ef
原子数 atom_count	257618

MGFSADHSQIAQTKDTMFTGYLDPVQAKDYFAEAEKTSIVQRVAQKIPMGATGIVIPHWTGDVSAQWIGEGDMKPITKGNMTKRDVHPAKIATIFVASAETVRANPANYLGTMRTKVATAIAMAFDNAALHGTNAPSAFQGYLDQSNKTQSISPNAYQGLGVSGLTKLVTDGKKWTHTLLDDTVEPVLNGSVDANGRPLFVESTYESLTTPFREGRILGRPTILSDHVAEGDVVGYAGDFSQIIWGQVGGLSFDVTDQATLNLGSQESPNFVSLWQHNLVAVRVEAEYGLLINDVNAFVKLTFDPVLTTYALDLDGASAGNFTLSLDGKTSANIAYNASTATVKSAIVAIDDGVSADDVTVTGSAGDYTITVPGTLTADFSGLTDGEGASISVVSVG

Entity 2 polymer

描述 description	Portal protein
分子量 formula_weight	53822.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Fa,Fb,Fc,Fd,Fe,Ff,Fg,Fh,Fi,Fj,Fk,Fl

MAETESIDPEKLRDQLLDAFENKQNELKSSKAYYDAERRPDAIGLAVPLDMRKYLAHVGYPRTYVDAIAERQELEGFRIPSANGEEPESGGENDPASELWDWWQANNLDIEATLGHTDALIYGTAYITISMPDPEVDFDVDPEVPLIRVEPPTALYAEVDPRTRKVLYAIRAIYGADGNEIVSATLYLPDTTMTWLRAEGEWEAPTSTPHGLEMVPVIPISNRTRLSDLYGTSEISPELRSVTDAAAQILMNMQGTANLMAIPQRLIFGAKPEELGINAETGQRMFDAYMARILAFEGGEGAHAEQFSAAELRNFVDALDALDRKAASYSGLPPQYLSSSSDNPASAEAIKAAESRLVKKVERKNKIFGGAWEQAMRLAYKMVKGGDIPTEYYRMETVWRDPSTPTYAAKADAAAKLFANGAGLIPRERGWVDMGYTIVEREQMRQWLEQDQKQGLGLIGSLYGASTPEGKPGEAPVGEPPAPEPDAA

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7. 引用文献 (1)

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空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	33132

fit	/app/data/saxs_computation/d9/9d9w/9d9w.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d9/9d9w/9d9w.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d9/9d9w/9d9w.dat

Mycobacteriophage Bxb1 C1 Capsid and Portal - Composite map and model

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)