9dbt

Crystal structure of human astrovirus 1 capsid spike bound to human neonatal Fc receptor

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 158.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9dbt
沉积日期 deposition_date	2024-08-23
结构标题 title	Crystal structure of human astrovirus 1 capsid spike bound to human neonatal Fc receptor
关键词 keywords	human astrovirus, capsid, human neonatal Fc receptor, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-MEMBRANE PROTEIN complex; VIRAL PROTEIN/MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.60 Å
零角强度 I(0) i0	914899000.00
分子量 molecular_weight	253620.0 kDa
排除体积 excluded_volume	317960 Å³
包络体积 envelope_volume	479970 Å³
水化壳体积 shell_volume	81715 Å³
包络直径 envelope_diameter	157.4 Å
壳层 Rg shell_rg	53.35 Å
包络 Rg envelope_rg	47.00 Å
形状 Rg shape_rg	48.63 Å
总 Rg total_rg	48.68 Å
总原子数 total_atoms	17924
残基数 n_residues	2252
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	158.7 Å
Rg (实空间) rg_real	49.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.1490e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7520e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	915000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8867
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	59.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.227
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.514
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	53600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.916; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.778

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	IgG receptor FcRn large subunit p51
分子量 formula_weight	30874.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F,I,C
原子数 atom_count	17924

AESHLSLLYHLTAVSSPAPGTPAFWVSGWLGPQQYLSYNSLRGEAEPCGAWVWENQVSWYWEKETTDLRIKEKLFLEAFKALGGKGPYTLQGLLGCELGPDNTSVPTAKFALNGEEFMNFDLKQGTWGGDWPEALAISQRWQQQDKAANKELTFLLFSCPHRLREHLERGRGNLEWKEPPSMRLKARPSSPGFSVLTCSAFSFYPPELQLRFLRNGLAAGTGQGDFGPNSDGSFHASSSLTVKSGDEHHYCCIVQHAGLAQPLRVELESPAKSSLVPR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	11748.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,G,J,D

IQRTPKIQVYSRHPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 3 polymer

描述 description	Structural protein
分子量 formula_weight	25231.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,K,L,E

MGEEYKVVLTFGSPMSPNANNKQTWVNKPLDAPSGHYNVKIAKDVDHYLTMQGFTSIASVDWYTIDFQPSEAPAPIKGLQVLVNISKKADVYAVKQFVTAQTNNKHQVTSLFLVKVTTGFQVNNYLSYFYRASATGDATTNLLVRGDTYTAGISFTQGGWYLLTNTSIVDGAMPPGWVWNNVELKTNTAYHMDKGLVHLIMPLPESTQMCYEMLTSIPAAAELALVPR

来源 Source

来源生物 organism	Human astrovirus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12456
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	87.000 Å
晶胞边长 b length_b	152.999 Å
晶胞边长 c length_c	255.363 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.400 Å
最低分辨率 resolution_low	98.030 Å
R 因子 r_factor	0.2105
R_work r_work	0.2086
R_free r_free	0.2627

fit	/app/data/saxs_computation/db/9dbt/9dbt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/db/9dbt/9dbt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/db/9dbt/9dbt.dat

Crystal structure of human astrovirus 1 capsid spike bound to human neonatal Fc receptor

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)