9dbx

Structure of AG11-2F01 Fab in complex with A/Solomon Islands/3/2006 (H1N1) influenza virus hemagglutinin

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 149.5 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9dbx
沉积日期 deposition_date	2024-08-23
结构标题 title	Structure of AG11-2F01 Fab in complex with A/Solomon Islands/3/2006 (H1N1) influenza virus hemagglutinin
关键词 keywords	antibody-antigen complex, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.96 Å
零角强度 I(0) i0	888408000.00
分子量 molecular_weight	242130.0 kDa
排除体积 excluded_volume	300660 Å³
包络体积 envelope_volume	413270 Å³
水化壳体积 shell_volume	74834 Å³
包络直径 envelope_diameter	144.9 Å
壳层 Rg shell_rg	50.77 Å
包络 Rg envelope_rg	45.08 Å
形状 Rg shape_rg	45.96 Å
总 Rg total_rg	46.16 Å
总原子数 total_atoms	17055
残基数 n_residues	2103
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	149.5 Å
Rg (实空间) rg_real	46.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.30 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.8840e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6520e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	888600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9022
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	52.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.167
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.651
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	79490000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.936; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.923

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Hemagglutinin HA1 chain
分子量 formula_weight	35809.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E
原子数 atom_count	17055

DTICIGYHANNSTDTVDTVLEKNVTVTHSVNLLEDSHNGKLCRLGIAPLQLGNCSVAGWILGNPECELLISRESWSYIVEKPNPENGTCYPGHFADYEELREQLSSVSSFERFEIFPKESSWPNHTTTGVSASCSHNGESSFYKNLLWLTGKNGLYPNLSKSYANNKEKEVLVLWGVHHPPNIGDQRALYHKENAYVSVVSSHYSRKFTPEIAKRPKVRDQEGRINYYWTLLEPGDTIIFEANGNLIAPRYAFALSRGFGSGIINSNAPMDECDAKCQTPQGAINSSLPFQNVHPVTIGECPKYVRSAKLRMVTGLRNIPS

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	464623
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 polymer

描述 description	Hemagglutinin HA2 chain
分子量 formula_weight	19395.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

IAGFIEGGWTGMVDGWYGYHHQNEQGSGYAADQKSTQNAINGITNKVNSVIEKMNTQFTAVGKEFNKLERRMENLNKKVDDGFIDIWTYNAELLVLLENERTLDFHDSNVKNLYEKVKSQLKNNAKEIGNGCFEFYHKCNDECMESVKNGTYDYPKYSEESKLNREKI

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	464623
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 3 polymer

描述 description	Heavy chain of influenza virus hemagglutinin antibody AG11-2F01
分子量 formula_weight	13794.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,W,Y

QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCAVSGNSISSEYYWAWIRQPPGMPPEWVGTIYHTGNTYYNPSLKSRTTISMDTSKNQFSLRLRSVTAADSAVYYCARAGVTIFGLTLPNYFHHWGQGTLVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	Light chain of influenza virus hemagglutinin antibody AG11-2F01
分子量 formula_weight	11486.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,X,Z

IQMTQSPSTLSASVGDRVTITCRASQSISNWMAWYQQKPGKAPKLLIYKASTLESGVPSRFSGGGSGPEFTLTISSLQPDDSATYYCQQYNSYMYTFGQGTKVEI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	359720

fit	/app/data/saxs_computation/db/9dbx/9dbx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/db/9dbx/9dbx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/db/9dbx/9dbx.dat

Structure of AG11-2F01 Fab in complex with A/Solomon Islands/3/2006 (H1N1) influenza virus hemagglutinin

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)