9dcg

Crystal Structure of the Thiol:Disulfide Interchange Protein DsbC from Vibrio cholerae

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 87.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9dcg
沉积日期 deposition_date	2024-08-26
结构标题 title	Crystal Structure of the Thiol:Disulfide Interchange Protein DsbC from Vibrio cholerae
关键词 keywords	;thiol:disulfide interchange protein, thioredoxib fold, CSBID, Structural Genomics, Center for Structural Biology of Infectious Diseases, OXIDOREDUCTASE ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.03 Å
零角强度 I(0) i0	19388700.00
分子量 molecular_weight	32151.0 kDa
排除体积 excluded_volume	39535 Å³
包络体积 envelope_volume	47569 Å³
水化壳体积 shell_volume	18231 Å³
包络直径 envelope_diameter	85.6 Å
壳层 Rg shell_rg	28.64 Å
包络 Rg envelope_rg	24.25 Å
形状 Rg shape_rg	24.09 Å
总 Rg total_rg	24.42 Å
总原子数 total_atoms	2213
残基数 n_residues	274
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	87.3 Å
Rg (实空间) rg_real	24.27 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9390e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0810e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	19390000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7557
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.644
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.143
角度范围 angular_range	— – 0.3300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9468000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.481; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.397; Smooth: 0.982

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Thiol:disulfide interchange protein
分子量 formula_weight	15979.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2289

AQDSMIEFKAPNEKYAITVFTDITCGYCVRLHSQIKEYNDLGITVRYLAYPRQGPQGQVADQMAAIWCSNDPKAAMHDAKVNRKTITADKDIAQCQKTIAQHYMLGHELGISGTPAIFLPNGEMVGGYLPAPQLLQRLQATQ

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243277
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	FORMIC ACID
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	52

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	37.499 Å
晶胞边长 b length_b	43.744 Å
晶胞边长 c length_c	47.851 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	64.07 °
晶胞夹角 β angle_beta	80.79 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	79.86 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.090 Å
最低分辨率 resolution_low	37.870 Å
R 因子 r_factor	0.2167
R_work r_work	0.2145
R_free r_free	0.2567

fit	/app/data/saxs_computation/dc/9dcg/9dcg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dc/9dcg/9dcg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dc/9dcg/9dcg.dat

Crystal Structure of the Thiol:Disulfide Interchange Protein DsbC from Vibrio cholerae

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction