9det

Human V-ATPase Vo subcomplex (containing subunit isoform a4) bound to nanobody and inhibitor

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 159.6 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9det
沉积日期 deposition_date	2024-08-29
结构标题 title	Human V-ATPase Vo subcomplex (containing subunit isoform a4) bound to nanobody and inhibitor
关键词 keywords	V-ATPase, lipid nanodisc, Vo subcomplex, inhibitor, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.51 Å
零角强度 I(0) i0	1552310000.00
分子量 molecular_weight	356500.0 kDa
排除体积 excluded_volume	457520 Å³
包络体积 envelope_volume	628080 Å³
水化壳体积 shell_volume	107660 Å³
包络直径 envelope_diameter	172.2 Å
壳层 Rg shell_rg	54.94 Å
包络 Rg envelope_rg	45.60 Å
形状 Rg shape_rg	46.39 Å
总 Rg total_rg	47.29 Å
总原子数 total_atoms	50652
残基数 n_residues	3209
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	159.6 Å
Rg (实空间) rg_real	47.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.17 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5520e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6110e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1553000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6361
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	58.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.227
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.256
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	155100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.776; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.006; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.952

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (14)

Entity 1 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit e 1
分子量 formula_weight	9380.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	e
原子数 atom_count	50652

MAYHGLTVPLIVMSVFWGFVGFLVPWFIPKGPNRGVIITMLVTCSVCCYLFWLIAILAQLNPLFGPQLKNETIWYLKYHWP

Entity 2 polymer

描述 description	Ribonuclease kappa
分子量 formula_weight	15435.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	f

MGWLRPGPRPLCPPARASWAFSHRFPSPLAPRRSPTPFFMASLLCCGPKLAACGIVLSAWGVIMLIMLGIFFNVHSAVLIEDVPFTEKDFENGPQNIYNLYEQVSYNCFIAAGLYLLLGGFSFCQVRLNKRKEYMVR

Entity 3 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit S1
分子量 formula_weight	52067.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	o

MMAAMATARVRMGPRCAQALWRMPWLPVFLSLAAAAAAAAAEQQVPLVLWSSDRDLWAPAADTHEGHITSDLQLSTYLDPALELGPRNVLLFLQDKLSIEDFTAYGGVFGNKQDSAFSNLENALDLAPSSLVLPAVDWYAVSTLTTYLQEKLGASPLHVDLATLRELKLNASLPALLLIRLPYTASSGLMAPREVLTGNDEVIGQVLSTLKSEDVPYTAALTAVRPSRVARDVAVVAGGLGRQLLQKQPVSPVIHPPVSYNDTAPRILFWAQNFSVAYKDQWEDLTPLTFGVQELNLTGSFWNDSFARLSLTYERLFGTTVTFKFILANRLYPVSARHWFTMERLEVHSNGSVAYFNASQVTGPSIYSFHCEYVSSLSKKGSLLVARTQPSPWQMMLQDFQIQAFNVMGEQFSYASDCASFFSPGIWMGLLTSLFMLFIFTYGLHMILSLKTMDRFDDHKGPTISLTQIV

Entity 4 polymer

描述 description	Renin receptor
分子量 formula_weight	39045.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	p

MAVFVVLLALVAGVLGNEFSILKSPGSVVFRNGNWPIPGERIPDVAALSMGFSVKEDLSWPGLAVGNLFHRPRATVMVMVKGVNKLALPPGSVISYPLENAVPFSLDSVANSIHSLFSEETPVVLQLAPSEERVYMVGKANSVFEDLSVTLRQLRNRLFQENSVLSSLPLNSLSRNNEVDLLFLSELQVLHDISSLLSRHKHLAKDHSPDLYSLELAGLDEIGKRYGEDSEQFRDASKILVDALQKFADDMYSLYGGNAVVELVTVKSFDTSLIRKTRTILEAKQAKNPASPYNLAYKYNFEYSVVFNMVLWIMIALALAVIITSYNIWNMDPGYDSIIYRMTNQKIRMD

Entity 5 polymer

描述 description	V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit
分子量 formula_weight	21418.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b

MTGLALLYSGVFVAFWACALAVGVCYTIFDLGFRFDVAWFLTETSPFMWSNLGIGLAISLSVVGAAWGIYITGSSIIGGGVKAPRIKTKNLVSIIFCEAVAIYGIIMAIVISNMAEPFSATDPKAIGHRNYHAGYSMFGAGLTVGLSNLFCGVCVGIVGSGAALADAQNPSLFVKILIVEIFGSAIGLFGVIVAILQTSRVKMGD

Entity 6 polymer

描述 description	V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
分子量 formula_weight	15743.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	9

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	c,g,h,i,j,k,l,m,n

MSESKSGPEYASFFAVMGASAAMVFSALGAAYGTAKSGTGIAAMSVMRPEQIMKSIIPVVMAGIIAIYGLVVAVLIANSLNDDISLYKSFLQLGAGLSVGLSGLAAGFAIGIVGDAGVRGTAQQPRLFVGMILILIFAEVLGLYGLIVALILSTK

Entity 7 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit d 1
分子量 formula_weight	40369.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	d

MSFFPELYFNVDNGYLEGLVRGLKAGVLSQADYLNLVQCETLEDLKLHLQSTDYGNFLANEASPLTVSVIDDRLKEKMVVEFRHMRNHAYEPLASFLDFITYSYMIDNVILLITGTLHQRSIAELVPKCHPLGSFEQMEAVNIAQTPAELYNAILVDTPLAAFFQDCISEQDLDEMNIEIIRNTLYKAYLESFYKFCTLLGGTTADAMCPILEFEADRRAFIITINSFGTELSKEDRAKLFPHCGRLYPEGLAQLARADDYEQVKNVADYYPEYKLLFEGAGSNPGDKTLEDRFFEHEVKLNKLAFLNQFHFGVFYAFVKLKEQECRNIVWIAECIAQRHRAKIDNYIPIF

Entity 8 polymer

描述 description	V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 4
分子量 formula_weight	99168.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a

MVSVFRSEEMCLSQLFLQVEAAYCCVAELGELGLVQFKDLNMNVNSFQRKFVNEVRRCESLERILRFLEDEMQNEIVVQLLEKSPLTPLPREMITLETVLEKLEGELQEANQNQQALKQSFLELTELKYLLKKTQDFFETETNLADDFFTEDTSGLLELKAVPAYMTGKLGFIAGVINRERMASFERLLWRICRGNVYLKFSEMDAPLEDPVTKEEIQKNIFIIFYQGEQLRQKIKKICDGFRATVYPCPEPAVERREMLESVNVRLEDLITVITQTESHRQRLLQEAAANWHSWLIKVQKMKAVYHILNMCNIDVTQQCVIAEIWFPVADATRIKRALEQGMELSGSSMAPIMTTVQSKTAPPTFNRTNKFTAGFQNIVDAYGVGSYREINPAPYTIITFPFLFAVMFGDCGHGTVMLLAALWMILNERRLLSQKTDNEIWNTFFHGRYLILLMGIFSIYTGLIYNDCFSKSLNIFGSSWSVQPMFRNGTWNTHVMEESLYLQLDPAIPGVYFGNPYPFGIDPIWNLASNKLTFLNSYKMKMSVILGIVQMVFGVILSLFNHIYFRRTLNIILQFIPEMIFILCLFGYLVFMIIFKWCCFDVHVSQHAPSILIHFINMFLFNYSDSSNAPLYKHQQEVQSFFVVMALISVPWMLLIKPFILRASHRKSQLQASRIQEDATENIEGDSSSPSSRSGQRTSADTHGALDDHGEEFNFGDVFVHQAIHTIEYCLGCISNTASYLRLWALSLAHAQLSEVLWTMVMNSGLQTRGWGGIVGVFIIFAVFAVLTVAILLIMEGLSAFLHALRLHWVEFQNKFYVGDGYKFSPFSFKHILDGTAEEGDLDYKDDDDKLDYKDDDDKADL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 9 polymer

描述 description	Anti V-ATPase Nanobody 2CAS66
分子量 formula_weight	15142.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	q

MGQVQLQESGGGLVQAGGSLRLSCAGSGRTFTYHTMGWFRQAPGKEREFVASINWSDTRLYYTDSVKGRFTISRDNAKSTVYLQMNSLKPEDTAVYYCVATAMTTGATMTVDNVDYWGQGTQVTVSSAAALEVLFQGPK

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 10 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 11 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL
分子量 formula_weight	386.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 12 non-polymer

描述 description	(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
分子量 formula_weight	760.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 13 non-polymer

描述 description	Cladoniamide A
分子量 formula_weight	437.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 14 non-polymer

描述 description	methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate
分子量 formula_weight	534.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	144439

fit	/app/data/saxs_computation/de/9det/9det.fit
pddf	/app/data/pr_computation/de/9det/9det.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/de/9det/9det.dat

Human V-ATPase Vo subcomplex (containing subunit isoform a4) bound to nanobody and inhibitor

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (14)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

Entity 14 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)