9deu

Crystal structure of epoxyqueuosine reductase QueH in complex with queuosine

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 49.6 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9deu
沉积日期 deposition_date	2024-08-29
结构标题 title	Crystal structure of epoxyqueuosine reductase QueH in complex with queuosine
关键词 keywords	Queuosine Biosynthesis, Epoxyqueuosine Reductase, Metalloenzyme, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.16 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.88 Å
零角强度 I(0) i0	7773680.00
分子量 molecular_weight	19679.0 kDa
排除体积 excluded_volume	24316 Å³
包络体积 envelope_volume	27109 Å³
水化壳体积 shell_volume	14957 Å³
包络直径 envelope_diameter	49.4 Å
壳层 Rg shell_rg	21.26 Å
包络 Rg envelope_rg	15.25 Å
形状 Rg shape_rg	14.91 Å
总 Rg total_rg	15.96 Å
总原子数 total_atoms	1364
残基数 n_residues	160
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	49.6 Å
Rg (实空间) rg_real	16.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.25 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.7740e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.4220e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7774000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6543
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.085
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.396
角度范围 angular_range	— – 0.4950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1898000.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.872; Stabil: 0.998; Sysdev: 0.302; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Epoxyqueuosine reductase QueH
分子量 formula_weight	22548.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.17.99.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1421

MGTVLIHVCCAPDLLTTIFHVRDAEFFFYNPNIQPLSEYEKRREAVDKVANHFSLNVRYGEYSTEEIRKWYTAVKDYKDLGEGSKRCERCISFLLERTAQEARKRGHESFSTTLLASPRKNLPMIENIGKTIEEKYGVKFFFKNFRKGGAYQEGVRLSKELGIYRQNYCGCVFSLLERREKHAEISRKRGHM

来源 Source

来源生物 organism	Thermotoga maritima MSB8
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	;2-amino-5-({[(1S,4S,5R)-4,5-dihydroxycyclopent-2-en-1-yl]amino}methyl)-7-(5-O-phosphono-beta-D-ribofuranosyl)-3,7-dihydro-4H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-one ;
分子量 formula_weight	489.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	57

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	53.647 Å
晶胞边长 b length_b	105.194 Å
晶胞边长 c length_c	73.792 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	36.900 Å
R 因子 r_factor	0.2199
R_work r_work	0.2194
R_free r_free	0.2292

fit	/app/data/saxs_computation/de/9deu/9deu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/de/9deu/9deu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/de/9deu/9deu.dat