9dg5

Thermotoga maritima threonylcarbamoyl adenylate synthase (TsaC2) in complex with L-threonine, magnesium and ATP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 88.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9dg5
沉积日期 deposition_date	2024-09-02
结构标题 title	Thermotoga maritima threonylcarbamoyl adenylate synthase (TsaC2) in complex with L-threonine, magnesium and ATP
关键词 keywords	TsaC2, TsaC, t6A, N6-threonylcarbamoyl adenosine, t6A37, tRNA, transfer-RNA, reaction intermediate, TC-AMP, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.20 Å
零角强度 I(0) i0	81711300.00
分子量 molecular_weight	74666.0 kDa
排除体积 excluded_volume	95253 Å³
包络体积 envelope_volume	113810 Å³
水化壳体积 shell_volume	34205 Å³
包络直径 envelope_diameter	89.8 Å
壳层 Rg shell_rg	35.08 Å
包络 Rg envelope_rg	27.18 Å
形状 Rg shape_rg	27.19 Å
总 Rg total_rg	28.10 Å
总原子数 total_atoms	5259
残基数 n_residues	644
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	88.2 Å
Rg (实空间) rg_real	28.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.1710e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1590e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	81710000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8324
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.154
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.615
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	75000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.940; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Threonylcarbamoyl-AMP synthase
分子量 formula_weight	38357.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.87
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5520

GSHMASTRVLKVDPLFPDEKVLKEAAELLRNGEVIIFPTETVYGIGADAYNEEACKKIFKLKERPADNPLIVHIHSFKQLEEIAEGYEPHLDFLKKFWPGPLTVIFRKKSEKIPPVVTADLPTVAVRMPAHPVALKLIELFGHPIAAPSANISGRPSATNVKHVIEDFMGKVKLIIDAGDTPFGLESTIVDLTKEKPVLLRPGPVEVERLKELFPELVVPDFVRKGNFKGRPLAPGMKYRHYAPLKPLILVEDLTKMEEVLKKYPDHVVICVEERKELYDDRIVVGSLKNPYSIAQNIFSALREAEKMGKEYIIVEGFEERGILFAVMNRLRKAATEIVR

来源 Source

来源生物 organism	Thermotoga maritima MSB8
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	THREONINE
分子量 formula_weight	119.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 6 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	188

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	153.764 Å
晶胞边长 b length_b	153.764 Å
晶胞边长 c length_c	87.207 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.250 Å
最低分辨率 resolution_low	44.430 Å
R 因子 r_factor	0.1849
R_work r_work	0.1832
R_free r_free	0.2189

fit	/app/data/saxs_computation/dg/9dg5/9dg5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dg/9dg5/9dg5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dg/9dg5/9dg5.dat