9dgm

T-junction triangle 8-11

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 105.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9dgm
沉积日期 deposition_date	2024-09-02
结构标题 title	T-junction triangle 8-11
关键词 keywords	Structure of DNA tensegrity triangle with T junctions, Design T-8-11, DNA; DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.64 Å
零角强度 I(0) i0	30516700.00
分子量 molecular_weight	25870.0 kDa
排除体积 excluded_volume	24795 Å³
包络体积 envelope_volume	48647 Å³
水化壳体积 shell_volume	14960 Å³
包络直径 envelope_diameter	111.0 Å
壳层 Rg shell_rg	33.48 Å
包络 Rg envelope_rg	31.05 Å
形状 Rg shape_rg	31.60 Å
总 Rg total_rg	31.83 Å
总原子数 total_atoms	1713
残基数 n_residues	84
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	105.5 Å
Rg (实空间) rg_real	31.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.14 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0520e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.6330e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	30510000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8658
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	42.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.256
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.622
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	501200.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.871; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.747; Smooth: 0.892

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPAPGPCPAPGPCPCPTPGPAPAPTPAPCPT)-3') ;
分子量 formula_weight	4867.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1713

CAGCAGCCTGAATACT

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PGPGPCPTPGPC)-3') ;
分子量 formula_weight	1825.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

GGCTGC

Entity 3 polymer

描述 description	DNA (58-MER)
分子量 formula_weight	17869.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

CTGCGAGTATTCACCGGCCGCGGACAACTTTTGTTGTCCGCGGCGCAGCCGGACAGCG

Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPGPCPGPCPTPGPT)-3') ;
分子量 formula_weight	2433.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

TGCGCTGT

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	167.490 Å
晶胞边长 b length_b	167.490 Å
晶胞边长 c length_c	78.099 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	9

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	6.630 Å
最低分辨率 resolution_low	34.380 Å
R 因子 r_factor	0.1790
R_work r_work	0.1729
R_free r_free	0.2297

fit	/app/data/saxs_computation/dg/9dgm/9dgm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dg/9dgm/9dgm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dg/9dgm/9dgm.dat

T-junction triangle 8-11

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)