9dhn

Crystal structure of PIsnA complexed with an imine intermediate

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 90.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9dhn
沉积日期 deposition_date	2024-09-04
结构标题 title	Crystal structure of PIsnA complexed with an imine intermediate
关键词 keywords	Isonitrile group, aromatic amino acid, ribose-5-phosphate, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.02 Å
零角强度 I(0) i0	164205000.00
分子量 molecular_weight	67650.0 kDa
排除体积 excluded_volume	65310 Å³
包络体积 envelope_volume	110220 Å³
水化壳体积 shell_volume	33944 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.6 Å
壳层 Rg shell_rg	34.38 Å
包络 Rg envelope_rg	27.25 Å
形状 Rg shape_rg	26.99 Å
总 Rg total_rg	27.60 Å
总原子数 total_atoms	5129
残基数 n_residues	624
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.0 Å
Rg (实空间) rg_real	27.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6420e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6720e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	164200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8856
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.389
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.310
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22770000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.858; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.936

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	L-tyrosine/L-tryptophan isonitrile synthase family protein
分子量 formula_weight	36123.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5129

SENVSLNNISMQILRELLQYRRHLTDPVKNSAKEEEIIKTVQLPRIEYFIKNKKPIEFILPAFPTKSPNINKVLGTAPDMAERLSLIFLNSFCQRIQLYYPPGARIIICSDGHVFGDLIHVSDEVISQYHEDIKQLLHEVGAINLSTFNLNDDKELCEHSDDFNLQRQMLVKHYARSEASIKDELLQNNNGLQLYRAVTRFLYEDSLLPGYTGSNNALQKDAKQRAIGVIQRSWAWGSLLDTHFPKAIRLSIHPQPADSIKFGIHMMPTRDDWLTPWHGVAANVNGQFILMKHKEVQMMGGKLVNIHGKPSHYVI

来源 Source

来源生物 organism	Photorhabdus luminescens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	29488
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	(2S)-2-{[(2S,3S)-1,3-dihydroxy-4-oxopentan-2-yl]amino}-3-(4-hydroxyphenyl)propanoic acid
分子量 formula_weight	297.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL
分子量 formula_weight	120.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE
分子量 formula_weight	266.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	133.734 Å
晶胞边长 b length_b	133.734 Å
晶胞边长 c length_c	109.075 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.940 Å
最低分辨率 resolution_low	59.810 Å
R 因子 r_factor	0.2396
R_work r_work	0.2376
R_free r_free	0.2589

fit	/app/data/saxs_computation/dh/9dhn/9dhn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dh/9dhn/9dhn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dh/9dhn/9dhn.dat