9dib

Rous sarcoma virus frameshifting pseudoknot RNA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 137.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9dib
沉积日期 deposition_date	2024-09-05
结构标题 title	Rous sarcoma virus frameshifting pseudoknot RNA
关键词 keywords	pseudoknot, retroviral RNA, frameshifting, translation regulation, RNA; RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.13 Å
零角强度 I(0) i0	233838000.00
分子量 molecular_weight	69182.0 kDa
排除体积 excluded_volume	62500 Å³
包络体积 envelope_volume	108530 Å³
水化壳体积 shell_volume	28078 Å³
包络直径 envelope_diameter	146.5 Å
壳层 Rg shell_rg	36.75 Å
包络 Rg envelope_rg	36.44 Å
形状 Rg shape_rg	37.07 Å
总 Rg total_rg	37.20 Å
总原子数 total_atoms	4325
残基数 n_residues	200
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	137.8 Å
Rg (实空间) rg_real	37.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.69 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3380e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.1370e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	233700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7556
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.673
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.043
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3828000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.546; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.292; Smooth: 0.888

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	frameshifting pseudoknot RNA
分子量 formula_weight	35680.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4392

GGGCCACUGUUCUCACUGUUGCGCUACAUCUGGCUAUUCGGAAAUGGAAGCCAGACCACACGAAAGUGUGGAUUGACCAGUGGCCCCUCCCUGAAGGUAAACUUGUAGCGC

来源 Source

来源生物 organism	Rous sarcoma virus - Prague C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11888
宿主生物 host_organism	in vitro transcription vector pT7-TP(deltai)

Entity 2 non-polymer

描述 description	IRIDIUM HEXAMMINE ION
分子量 formula_weight	294.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	14

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	43.763 Å
晶胞边长 b length_b	68.246 Å
晶胞边长 c length_c	209.563 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.680 Å
最低分辨率 resolution_low	48.820 Å
R 因子 r_factor	0.2113
R_work r_work	0.2057
R_free r_free	0.2679

fit	/app/data/saxs_computation/di/9dib/9dib.fit
pddf	/app/data/pr_computation/di/9dib/9dib.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/di/9dib/9dib.dat

Rous sarcoma virus frameshifting pseudoknot RNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction