9djw

X-ray crystal structure of TNFa-VNAR D1 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 272.0 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9djw
沉积日期 deposition_date	2024-09-06
结构标题 title	X-ray crystal structure of TNFa-VNAR D1 complex
关键词 keywords	toxin, DNA binding, deaminase; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	77.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	76.59 Å
零角强度 I(0) i0	10873700000.00
分子量 molecular_weight	863780.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1072400 Å³
包络体积 envelope_volume	1807000 Å³
水化壳体积 shell_volume	194180 Å³
包络直径 envelope_diameter	270.8 Å
壳层 Rg shell_rg	76.15 Å
包络 Rg envelope_rg	74.19 Å
形状 Rg shape_rg	76.58 Å
总 Rg total_rg	76.64 Å
总原子数 total_atoms	60828
残基数 n_residues	7845
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	272.0 Å
Rg (实空间) rg_real	80.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.67 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0870e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3690e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	77.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10900000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9127
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	95.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.390
峰度 Kurtosis kurtosis	0.036
角度范围 angular_range	— – 0.1000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.0400
最高正则化参数 α highest_alpha	851100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	21
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.837; Stabil: 0.891; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.757

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Antigen receptor
分子量 formula_weight	14080.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	30

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	0,1,5,6,7,D,E,F,J,K,L,P,Q,R,V,W,X,b,c,d,h,i,j,n,o,p,t,u,v,z
原子数 atom_count	60848

TARVDQTPQTITKETGESLTINCVLRDSHCATSSTYWYRKKSGSTNEESISKGGRYVETVNSGSKSFSLRINDLTVEDSGTYRCASECQYGLAEYDVYGGGTVVTVNAAAHHHHHHGAAESKLISEEDL

来源 Source

来源生物 organism	Squalus acanthias
通用名 common_name	spiny dogfish
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7797
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Tumor necrosis factor
分子量 formula_weight	17271.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	30

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2,3,4,A,B,C,G,H,I,M,N,O,S,T,U,Y,Z,a,e,f,g,k,l,m,q,r,s,w,x,y

RSSSRTPSDKPVAHVVANPQAEGQLQWLNRRANALLANGVELRDNQLVVPSEGLYLIYSQVLFKGQGCPSTHVLLTHTISRIAVSYQTKVNLLSAIKSPCQRETPEGAEAKPWYEPIYLGGVFQLEKGDRLSAEINRPDYLDFAESGQVYFGIIAL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	9

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	112.320 Å
晶胞边长 b length_b	218.127 Å
晶胞边长 c length_c	236.485 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.28 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	60

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.430 Å
最低分辨率 resolution_low	109.060 Å
R 因子 r_factor	0.2332
R_work r_work	0.2303
R_free r_free	0.2885

fit	/app/data/saxs_computation/dj/9djw/9djw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dj/9djw/9djw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dj/9djw/9djw.dat

X-ray crystal structure of TNFa-VNAR D1 complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)