SAXSdb — 9dm0

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9dm0
沉积日期 deposition_date	2024-09-11
最后修订 last_revision	2025-02-19
结构标题 title	Cryo-EM structure of the SFV009 3G01 Fab in complex with A/California/04/2009
关键词 keywords	hemagglutinin, HA, antibody, anchor epitope, influenza virus, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.68 Å
零角强度 I(0) i0	571151000.00
分子量 molecular_weight	193700.0 kDa
排除体积 excluded_volume	240800 Å³
包络体积 envelope_volume	326930 Å³
水化壳体积 shell_volume	61705 Å³
包络直径 envelope_diameter	163.4 Å
壳层 Rg shell_rg	47.80 Å
包络 Rg envelope_rg	45.18 Å
形状 Rg shape_rg	45.69 Å
总 Rg total_rg	45.74 Å
总原子数 total_atoms	13642
残基数 n_residues	1657
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	153.8 Å
Rg (实空间) rg_real	45.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.7120e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0680e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	570900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8398
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	44.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.451
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.540
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	65780000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.756; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.878; Smooth: 0.765

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Fab light chain
分子量 formula_weight	11803.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D
原子数 atom_count	13642

EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASESVSTYLAWYQKKPGQAPRLLIYDASHRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLESEDFGVYYCQQRSNWPPITFGQGTRLEIK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 2 polymer

描述 description	Fab heavy chain
分子量 formula_weight	13490.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFTFRIYAMHWVRQAPGKGLEWVAVISNEGTNKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRPEDAAVYYCARDPSNPPHWGNFDSWGQGTLVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 3 polymer

描述 description	Hemagglutinin
分子量 formula_weight	35960.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,F

GDTLCIGYHANNSTDTVDTVLEKNVTVTHSVNLLEDKHNGKLCKLRGVAPLHLGKCNIAGWILGNPECESLSTASSWSYIVETPSSDNGTCYPGDFIDYEELREQLSSVSSFERFEIFPKTSSWPNHDSNKGVTAACPHAGAKSFYKNLIWLVKKGNSYPKLSKSYINDKGKEVLVLWGIHHPSTSADQQSLYQNADTYVFVGSSRYSKKFKPEIAIRPKVRDQEGRMNYYWTLVEPGDKITFEATGNLVVPRYAFAMERNAGSGIIISDTPVHDCNTTCQTPKGAINTSLPFQNIHPITIGKCPKYVKSTKLRLATGLRNIPS

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus (A/California/04/2009(H1N1))
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	641809
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	Hemagglutinin
分子量 formula_weight	26516.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,G,I

IQSRGLFGAIAGFIEGGWTGMVDGWYGYHHQNEQGSGYAADLKSTQNAIDKITNKVNSVIEKMNTQFTAVGKEFNHLEKRIENLNKKVDDGFLDIWTYNAELLVLLENERTLDYHDSNVKNLYEKVRSQLKNNAKEIGNGCFEFYHKCDNTCMESVKNGTYDYPKYSEEAKLNREEIDGSGYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFLGSGLNDIFEAQKIEWHEGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus (A/California/04/2009(H1N1))
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	641809
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	90138

fit	/app/data/saxs_computation/dm/9dm0/9dm0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dm/9dm0/9dm0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dm/9dm0/9dm0.dat

Cryo-EM structure of the SFV009 3G01 Fab in complex with A/California/04/2009

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 branched

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)