9dm6

Crystal Structure of Danio rerio histone deacetylase 6 catalytic domain 2 complexed with an ethylhydrazide inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 125.6 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9dm6
沉积日期 deposition_date	2024-09-12
结构标题 title	Crystal Structure of Danio rerio histone deacetylase 6 catalytic domain 2 complexed with an ethylhydrazide inhibitor
关键词 keywords	Hydrolase, histone deacetylase, inhibitor, metallohydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.37 Å
零角强度 I(0) i0	764024000.00
分子量 molecular_weight	149330.0 kDa
排除体积 excluded_volume	143580 Å³
包络体积 envelope_volume	248700 Å³
水化壳体积 shell_volume	53607 Å³
包络直径 envelope_diameter	138.6 Å
壳层 Rg shell_rg	44.86 Å
包络 Rg envelope_rg	37.57 Å
形状 Rg shape_rg	38.36 Å
总 Rg total_rg	38.64 Å
总原子数 total_atoms	11254
残基数 n_residues	1422
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	125.6 Å
Rg (实空间) rg_real	38.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.99 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.6400e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3810e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	764100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6806
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	58.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.078
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.567
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	237700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.834; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.132; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.946

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Hdac6 protein
分子量 formula_weight	40285.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A,C,D
原子数 atom_count	12912

SNAGGSSPITGLVYDQRMMLHHNMWDSHHPELPQRISRIFSRHEELRLLSRCHRIPARLATEEELALCHSSKHISIIKSSEHMKPRDLNRLGDEYNSIFISNESYTCALLAAGSCFNSAQAILTGQVRNAVAIVRPPGHHAEKDTACGFCFFNTAALTARYAQSITRESLRVLIVDWDVHHGNGTQHIFEEDDSVLYISLHRYEDGAFFPNSEDANYDKVGLGKGRGYNVNIPWNGGKMGDPEYMAAFHHLVMPIAREFAPELVLVSAGFDAARGDPLGGFQVTPEGYAHLTHQLMSLAAGRVLIILEGGYNLTSISESMSMCTSMLLGDSPPSLDHLTPLKTSATVSINNVLRAHAPFWSSLR

来源 Source

来源生物 organism	Danio rerio
通用名 common_name	zebrafish
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7955
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	N-[2-(benzylamino)-2-oxoethyl]-4-(dimethylamino)-N-{[4-(2-ethylhydrazine-1-carbonyl)phenyl]methyl}benzamide
分子量 formula_weight	487.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1476

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	78.419 Å
晶胞边长 b length_b	95.590 Å
晶胞边长 c length_c	98.079 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.64 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.400 Å
最低分辨率 resolution_low	65.550 Å
R 因子 r_factor	0.1444
R_work r_work	0.1443
R_free r_free	0.1626

fit	/app/data/saxs_computation/dm/9dm6/9dm6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dm/9dm6/9dm6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dm/9dm6/9dm6.dat