SAXSdb — 9dm9

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9dm9
沉积日期 deposition_date	2024-09-12
结构标题 title	HIV-RT pre-catalytic complex with MK-8527
关键词 keywords	HIV-RT, NRTTI, Nucleoside reverse transcriptase translocation inhibitor, TRANSFERASE, TRANSFERASE-DNA complex; TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.64 Å
零角强度 I(0) i0	467860000.00
分子量 molecular_weight	114330.0 kDa
排除体积 excluded_volume	109330 Å³
包络体积 envelope_volume	194180 Å³
水化壳体积 shell_volume	48776 Å³
包络直径 envelope_diameter	114.3 Å
壳层 Rg shell_rg	40.15 Å
包络 Rg envelope_rg	32.45 Å
形状 Rg shape_rg	32.67 Å
总 Rg total_rg	32.98 Å
总原子数 total_atoms	8622
残基数 n_residues	984
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	105.4 Å
Rg (实空间) rg_real	32.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.6790e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.2770e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	467900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8960
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.275
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.430
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	48130000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.915; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.898

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Reverse transcriptase/ribonuclease H
分子量 formula_weight	64752.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.49,2.7.7.7,3.1.26.13,3.1.13.2
突变 mutation	Q258C,C280S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8622

MVPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDICKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLSKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDQSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIRKVL

来源 Source

来源生物 organism	HIV-1 M:B_HXB2R
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11706
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	p51 RT
分子量 formula_weight	53201.0 kDa
突变 mutation	C280S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MAHHHHHHLEVLFQGPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLSKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETF

来源 Source

来源生物 organism	HIV-1 M:B_HXB2R
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11706
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	DNA Primer
分子量 formula_weight	6490.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	P

ACAGTCCCTGTTCGGGCGCCG

Entity 4 polymer

描述 description	DNA Template
分子量 formula_weight	8383.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

ATGGTCGGCGCCCGAACAGGGACTGTG

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	;2-chloro-7-{(4xi)-2-deoxy-4-ethynyl-5-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-D-erythro-pentofuranosyl}-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine ;
分子量 formula_weight	548.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	163.906 Å
晶胞边长 b length_b	170.810 Å
晶胞边长 c length_c	101.453 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.730 Å
最低分辨率 resolution_low	38.500 Å
R 因子 r_factor	0.2020
R_work r_work	0.2006
R_free r_free	0.2284

fit	/app/data/saxs_computation/dm/9dm9/9dm9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dm/9dm9/9dm9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dm/9dm9/9dm9.dat

HIV-RT pre-catalytic complex with MK-8527

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)