9dmm

Crystal structure of human KRAS G12C covalently bound to Divarasib (GDC6036)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 50.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9dmm

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9dmm
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9dmm
沉积日期 deposition_date2024-09-13
结构标题 titleCrystal structure of human KRAS G12C covalently bound to Divarasib (GDC6036)
关键词 keywordsInhibitor, GTPase, Complex, GDP, ONCOPROTEIN, HYDROLASE-INHIBITOR complex; ONCOPROTEIN,HYDROLASE/INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.42
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.02
零角强度 I(0) i07928100.00
分子量 molecular_weight19824.0 kDa
排除体积 excluded_volume24385 ų
包络体积 envelope_volume26600 ų
水化壳体积 shell_volume14711 ų
包络直径 envelope_diameter48.0
壳层 Rg shell_rg21.28
包络 Rg envelope_rg15.35
形状 Rg shape_rg14.95
总 Rg total_rg16.25
总原子数 total_atoms2707
残基数 n_residues170
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax50.3
Rg (实空间) rg_real16.27
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.24
I(0) (实空间) i0_real7.9280e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.4190e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.28
I(0) (倒空间) i0_reciprocal7928000.0000
解质量估计 total_estimate0.8951
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary21.3
偏度 Skewness skewness0.026
峰度 Kurtosis kurtosis-0.515
角度范围 angular_range— – 0.4850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1514000.0000
实空间数据点数 n_real_points79
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.904; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.945

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (5)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)