9dn4

Crystal structure of a SARS-CoV-2 20-mer RNA in complex with FAB BL3-6S97N

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 143.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9dn4
沉积日期 deposition_date	2024-09-16
结构标题 title	Crystal structure of a SARS-CoV-2 20-mer RNA in complex with FAB BL3-6S97N
关键词 keywords	FAB, FAB BL3-6S97, FAB:RNA complex, IMMUNE SYSTEM-RNA complex, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.68 Å
零角强度 I(0) i0	213296000.00
分子量 molecular_weight	106240.0 kDa
排除体积 excluded_volume	127630 Å³
包络体积 envelope_volume	176790 Å³
水化壳体积 shell_volume	38457 Å³
包络直径 envelope_diameter	147.1 Å
壳层 Rg shell_rg	42.35 Å
包络 Rg envelope_rg	40.22 Å
形状 Rg shape_rg	40.55 Å
总 Rg total_rg	41.12 Å
总原子数 total_atoms	7404
残基数 n_residues	896
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	143.1 Å
Rg (实空间) rg_real	43.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.95 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1330e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2060e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	213200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8161
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	34.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.482
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.389
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.819; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.758; Smooth: 0.396

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	FAB BL3-6S97N HEAVY CHAIN
分子量 formula_weight	26670.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	8028

MGWSCIILFLVATATGVHSEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFYISYSSIHWVRQAPGKGLEWVASISPYSGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARQGYRRRSGRGFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 2 polymer

描述 description	FAB BL3-6S97N LIGHT CHAIN
分子量 formula_weight	25324.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C

MGWSCIILFLVATATGVHSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASSLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYSFPNTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 3 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PCPUPCPGPUPCPUPGPAPAPAPCPAPCPGPGPAPGPAPG)-3') ;
分子量 formula_weight	6445.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	E,F

CUCGUCUGAAACACGGAGAG

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	593

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	64.726 Å
晶胞边长 b length_b	68.025 Å
晶胞边长 c length_c	118.615 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.16 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	47.410 Å
R 因子 r_factor	0.1781
R_work r_work	0.1758
R_free r_free	0.2232

fit	/app/data/saxs_computation/dn/9dn4/9dn4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dn/9dn4/9dn4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dn/9dn4/9dn4.dat

Crystal structure of a SARS-CoV-2 20-mer RNA in complex with FAB BL3-6S97N

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)