9dq9

Borrelia burgdorferi LDH with NADH and oxamate

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 94.0 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9dq9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9dq9
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9dq9
沉积日期 deposition_date2024-09-23
最后修订 last_revision2025-03-12
结构标题 titleBorrelia burgdorferi LDH with NADH and oxamate
关键词 keywordslactate dehydrogenase, oxamate, NADH, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.58
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.59
零角强度 I(0) i0290752000.00
分子量 molecular_weight141420.0 kDa
排除体积 excluded_volume179020 ų
包络体积 envelope_volume207480 ų
水化壳体积 shell_volume53215 ų
包络直径 envelope_diameter94.7
壳层 Rg shell_rg40.25
包络 Rg envelope_rg30.62
形状 Rg shape_rg30.58
总 Rg total_rg31.40
总原子数 total_atoms20010
残基数 n_residues1256
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax94.0
Rg (实空间) rg_real31.32
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.51
I(0) (实空间) i0_real2.9080e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.0670e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.44
I(0) (倒空间) i0_reciprocal290800000.0000
解质量估计 total_estimate0.9075
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary41.4
偏度 Skewness skewness0.057
峰度 Kurtosis kurtosis-0.600
角度范围 angular_range— – 0.2500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha134700000.0000
实空间数据点数 n_real_points51
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.951; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.968

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (6)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)