9dqn

Nan Regulatory Protein (NanR) - DNA complex from Streptococcus pneumoniae

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 171.3 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9dqn
沉积日期 deposition_date	2024-09-24
最后修订 last_revision	2025-08-20
结构标题 title	Nan Regulatory Protein (NanR) - DNA complex from Streptococcus pneumoniae
关键词 keywords	Regulator, protein-DNA complex, DNA-Binding, Ligand-bound, Isomerase-Domain, TRANSCRIPTION, TRANSCRIPTION-DNA complex; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.70 Å
零角强度 I(0) i0	384373000.00
分子量 molecular_weight	145910.0 kDa
排除体积 excluded_volume	176270 Å³
包络体积 envelope_volume	252510 Å³
水化壳体积 shell_volume	50637 Å³
包络直径 envelope_diameter	181.3 Å
壳层 Rg shell_rg	43.39 Å
包络 Rg envelope_rg	48.57 Å
形状 Rg shape_rg	48.52 Å
总 Rg total_rg	49.00 Å
总原子数 total_atoms	10175
残基数 n_residues	1150
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	171.3 Å
Rg (实空间) rg_real	52.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8440e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.8750e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	50.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	383700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7253
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.671
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.257
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14610000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.650; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.469; Smooth: 0.007

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Phosphosugar-binding transcriptional regulator
分子量 formula_weight	32651.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,D,B
原子数 atom_count	10176

MDKPDIATVIDSHFEEMTDLEQEIARYFLQAETIQDDLSSQQVTQKLHISQAALTRFAKKCGFTGYREFIFQYQHEAENQANQVSKHSPLTKRVLRSYSNMREQTQDLIDEVQLERIAQLIEDAERVYFFGTGSSGLVAREMKLRFMRLGVVCEALTDQDGFAWTTSIMDENCLVLGFSLSGSTPSILDSLLDAKEMGAKTVLFSSVPNKDSQAYTETVLVATHSQPSYIQRISAQLPMLFFIDLIYAYFLEINRESKEKIFNSYWENKKLNGYRRQKRVRKS

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus pneumoniae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1313
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PTPCPTPGPAPAPAPGPTPAPCPTPTPTPTPAPGPA)-3') ;
分子量 formula_weight	5529.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H,J

TCTGAAAGTACTTTTAGA

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PTPCPTPGPAPAPAPGPTPAPCPTPTPTPTPAPGPA)-3') ;
分子量 formula_weight	5498.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I,K

TCTAAAAGTACTTTCAGA

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	57.893 Å
晶胞边长 b length_b	159.393 Å
晶胞边长 c length_c	171.751 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.990 Å
最低分辨率 resolution_low	46.000 Å
R 因子 r_factor	0.2145
R_work r_work	0.2121
R_free r_free	0.2598

fit	/app/data/saxs_computation/dq/9dqn/9dqn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dq/9dqn/9dqn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dq/9dqn/9dqn.dat

Nan Regulatory Protein (NanR) - DNA complex from Streptococcus pneumoniae

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)