9dr4

Crystal structure of bifunctional GlmU from Staphylococcus aureus NCTC 8325 complexed with UTP, CoA and Glc 1-P

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 108.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9dr4
沉积日期 deposition_date	2024-09-25
最后修订 last_revision	2025-05-14
结构标题 title	Crystal structure of bifunctional GlmU from Staphylococcus aureus NCTC 8325 complexed with UTP, CoA and Glc 1-P
关键词 keywords	uridyltransferase, acetyltransferase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.24 Å
零角强度 I(0) i0	42926100.00
分子量 molecular_weight	48710.0 kDa
排除体积 excluded_volume	59944 Å³
包络体积 envelope_volume	82676 Å³
水化壳体积 shell_volume	24167 Å³
包络直径 envelope_diameter	114.5 Å
壳层 Rg shell_rg	34.65 Å
包络 Rg envelope_rg	31.83 Å
形状 Rg shape_rg	30.20 Å
总 Rg total_rg	30.77 Å
总原子数 total_atoms	3411
残基数 n_residues	450
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	108.1 Å
Rg (实空间) rg_real	31.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.11 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.2930e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.9670e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	42920000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7593
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.630
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.198
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6307000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.616; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.444; Smooth: 0.575

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Bifunctional protein GlmU
分子量 formula_weight	49722.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.23,2.3.1.157
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3703

MGHHHHHHGSMRRHAIILAAGKGTRMKSKKYKVLHEVAGKPMVEHVLESVKGSGVDQVVTIVGHGAESVKGHLGERSLYSFQEEQLGTAHAVQMAKSHLEDKEGTTIVVCGDTPLITKETLVTLIAHHEDANAQATVLSASIQQPYGYGRIVRNASGRLERIVEEKDATQAEKDINEISSGIFAFNNKTLFEKLTQVKNDNAQGEYYLPDVLSLILNDGGIVEVYRTNDVEEIMGVNDRVMLSQAEKAMQRRTNHYHMLNGVTIIDPDSTYIGPDVTIGSDTVIEPGVRINGRTEIGEDVVIGQYSEINNSTIENGACIQQSVVNDASVGANTKVGPFAQLRPGAQLGADVKVGNFVEIKKADLKDGAKVSHLSYIGDAVIGERTNIGCGTITVNYDGENKFKTIVGKDSFVGCNVNLVAPVTIGDDVLVAAGSTITDDVPNDSLAVARARQTTKEGYRK

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	93061
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	COENZYME A
分子量 formula_weight	767.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	260.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	;URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE ;
分子量 formula_weight	484.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	262

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	94.883 Å
晶胞边长 b length_b	94.883 Å
晶胞边长 c length_c	262.532 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.850 Å
最低分辨率 resolution_low	39.210 Å
R 因子 r_factor	0.1767
R_work r_work	0.1748
R_free r_free	0.2128

fit	/app/data/saxs_computation/dr/9dr4/9dr4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dr/9dr4/9dr4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dr/9dr4/9dr4.dat