9dr5

Crystal structure of Catechol 1,2-dioxygenase from Burkholderia multivorans (Zinc bound, P1 form)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 145.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9dr5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9dr5
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9dr5
沉积日期 deposition_date2024-09-25
最后修订 last_revision2024-10-02
结构标题 titleCrystal structure of Catechol 1,2-dioxygenase from Burkholderia multivorans (Zinc bound, P1 form)
关键词 keywordsSSGCID, STRUCTURAL GENOMICS, SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE, Catechol 1, 2-dioxygenase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier45.63
回转半径 Rg (电子) rg_electron45.09
零角强度 I(0) i01145490000.00
分子量 molecular_weight274880.0 kDa
排除体积 excluded_volume342170 ų
包络体积 envelope_volume476710 ų
水化壳体积 shell_volume87536 ų
包络直径 envelope_diameter153.8
壳层 Rg shell_rg50.69
包络 Rg envelope_rg43.65
形状 Rg shape_rg45.08
总 Rg total_rg45.38
总原子数 total_atoms19358
残基数 n_residues2477
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax145.9
Rg (实空间) rg_real45.47
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.99
I(0) (实空间) i0_real1.1450e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9570e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal45.63
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1146000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8552
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary58.3
偏度 Skewness skewness0.274
峰度 Kurtosis kurtosis-0.241
角度范围 angular_range— – 0.1750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha140600000.0000
实空间数据点数 n_real_points36
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.803; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.718

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (8)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)