9drq

Mumps virus fusion glycoprotein F stabilized in prefusion conformation

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 114.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9drq
沉积日期 deposition_date	2024-09-26
最后修订 last_revision	2025-02-19
结构标题 title	Mumps virus fusion glycoprotein F stabilized in prefusion conformation
关键词 keywords	Mumps virus, fusion protein, prefusion conformation, vaccine, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.74 Å
零角强度 I(0) i0	40605600.00
分子量 molecular_weight	50053.0 kDa
排除体积 excluded_volume	62854 Å³
包络体积 envelope_volume	90697 Å³
水化壳体积 shell_volume	25187 Å³
包络直径 envelope_diameter	119.9 Å
壳层 Rg shell_rg	36.46 Å
包络 Rg envelope_rg	31.82 Å
形状 Rg shape_rg	31.73 Å
总 Rg total_rg	32.23 Å
总原子数 total_atoms	3502
残基数 n_residues	441
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	114.1 Å
Rg (实空间) rg_real	32.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0610e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.1480e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	40600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8045
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.356
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.636
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5842000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.640; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.562; Smooth: 0.976

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Fusion glycoprotein F0
分子量 formula_weight	48145.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3542

VNINILQQIGYIKQQVRQLSYYSQSSSSYIVVKLLPNIQPTDDSCEFKSVTQYNKTLSNLLLPIAENINNIAIGIAALGVATAAQVTAAVSLVQAQTNARAIAAMKNSIQATNRAVFEVKEGTQQLAIAVQAIQDHINTIMNTQLNNMSCQILDNQLATSLGLYLTELTTCFQPQLTNPALSPISIQCLRSLLGSMTPAVVQATLSTSISAAEILSAGLMEGQIISVLLDEMQMIVKINIPTIVTQSNALVIDFYSISSFINNQESIIQLPDRILEIGNEQWSYPAKNCKLTRHHIFCQYNEAERLSLESKLCLAGNISACVFSPIAGSYMRRFVALDGTIVANCRSLTCLCKSPSYPIYQPDHHAVTTIDLTACQTLSLDGLDFSIVSLSNITYAENLTISLSQTINTQPIDISTELSKVNASLQNAVKYIKESNHQLQS

来源 Source

来源生物 organism	Mumps orthorubulavirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2560602
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	40

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	74.823 Å
晶胞边长 b length_b	74.823 Å
晶胞边长 c length_c	460.854 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.160 Å
最低分辨率 resolution_low	37.410 Å
R 因子 r_factor	0.2091
R_work r_work	0.2071
R_free r_free	0.2457

fit	/app/data/saxs_computation/dr/9drq/9drq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dr/9drq/9drq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dr/9drq/9drq.dat

Mumps virus fusion glycoprotein F stabilized in prefusion conformation

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction