9drv

Crystal structure of M. tuberculosis PheRS-tRNA complex bound to inhibitor D-004

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 177.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9drv
沉积日期 deposition_date	2024-09-26
结构标题 title	Crystal structure of M. tuberculosis PheRS-tRNA complex bound to inhibitor D-004
关键词 keywords	RNA ligase aminoacyl-tRNAsynthetase, Structural Genomics, Center for Structural Biology of Infectious Diseases, CSBID, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.41 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.87 Å
零角强度 I(0) i0	1613300000.00
分子量 molecular_weight	296090.0 kDa
排除体积 excluded_volume	354660 Å³
包络体积 envelope_volume	518780 Å³
水化壳体积 shell_volume	85958 Å³
包络直径 envelope_diameter	176.4 Å
壳层 Rg shell_rg	53.12 Å
包络 Rg envelope_rg	50.47 Å
形状 Rg shape_rg	50.83 Å
总 Rg total_rg	51.07 Å
总原子数 total_atoms	20649
残基数 n_residues	2477
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	177.2 Å
Rg (实空间) rg_real	51.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6130e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0460e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1613000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8738
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	57.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.370
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.401
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	97920000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.844; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.849

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (12)

Entity 1 polymer

描述 description	Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit
分子量 formula_weight	38482.4 kDa
EC 编号 ec_number	6.1.1.20
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	21397

ENLYFQSNAMLSPEALTTAVDAAQQAIALADTLDVLARVKTEHLGDRSPLALARQALAVLPKEQRAEAGKRVNAARNAAQRSYDERLATLRAERDAAVLVAEGIDVTLPSTRVPAGARHPIIMLAEHVADTFIAMGWELAEGPEVETEQFNFDALNFPADHPARGEQDTFYIAPEDSRQLLRTHTSPVQIRTLLARELPVYIISIGRTFRTDELDATHTPIFHQVEGLAVDRGLSMAHLRGTLDAFARAEFGPSARTRIRPHFFPFTEPSAEVDVWFANKIGGAAWVEWGGCGMVHPNVLRATGIDPDLYSGFAFGMGLERTLQFRNGIPDMRDMVEGDVRFSLPFGVGA

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis H37Rv
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit
分子量 formula_weight	88867.2 kDa
EC 编号 ec_number	6.1.1.20
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

QSNAMRLPYSWLREVVAVGASGWDVTPGELEQTLLRIGHEVEEVIPLGPVDGPVTVGRVADIEELTGYKKPIRACAVDIGDRQYREIICGATNFAVGDLVVVALPGATLPGGFTISARKAYGRNSDGMICSAAELNLGADHSGILVLPPGAAEPGADGAGVLGLDDVVFHLAITPDRGYCMSVRGLARELACAYDLDFVDPASNSRVPPLPIEGPAWPLTVQPETGVRRFALRPVIGIDPAAVSPWWLQRRLLLCGIRATCPAVDVTNYVMLELGHPMHAHDRNRISGTLGVRFARSGETAVTLDGIERKLDTADVLIVDDAATAAIGGVMGAASTEVRADSTDVLLEAAIWDPAAVSRTQRRLHLPSEAARRYERTVDPAISVAALDRCARLLADIAGGEVSPTLTDWRGDPPCDDWSPPPIRMGVDVPDRIAGVAYPQGTTARRLAQIGAVVTHDGDTLTVTPPSWRPDLRQPADLVEEVLRLEGLEVIPSVLPPAPAGRGLTAGQQRRRTIGRSLALSGYVEILPTPFLPAGVFDLWGLEADDSRRMTTRVLNPLEADRPQLATTLLPALLEALVRNVSRGLVDVALFAIAQVVQPTEQTRGVGLIPVDRRPTDDEIAMLDASLPRQPQHVAAVLAGLREPRGPWGPGRPVEAADAFEAVRIIARASRVDVTLRPAQYLPWHPGRCAQVFVGESSVGHAGQLHPAVIERSGLPKGTCAVELNLDAIPCSAPLPAPRVSPYPAVFQDVSLVVAADIPAQAVADAVRAGAGDLLEDIALFDVFTGPQIGEHRKSLTFALRFRAPDRTLTEDDASAARDAAVQSAAERVGAVLRG

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis H37Rv
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	tRNA(phe)
分子量 formula_weight	24842.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C,F

GGCCAGGUAGCUCAGUCGGUAUGAGCGUCCGCCUGAAAAGCGGAAGGUCGGCGGUUCGAUCCCGCCCCUGGCCACCA

Entity 4 non-polymer

描述 description	QUINOLIN-2-AMINE
分子量 formula_weight	144.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 7 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 8 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 9 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 11 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 12 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	748

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	147.091 Å
晶胞边长 b length_b	64.393 Å
晶胞边长 c length_c	188.776 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	111.10 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.460 Å
最低分辨率 resolution_low	48.750 Å
R 因子 r_factor	0.2123
R_work r_work	0.2099
R_free r_free	0.2595

fit	/app/data/saxs_computation/dr/9drv/9drv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dr/9drv/9drv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dr/9drv/9drv.dat

Crystal structure of M. tuberculosis PheRS-tRNA complex bound to inhibitor D-004

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (12)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)