9ds3

Crystal structure of Apo-241_2F04 Fab

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 126.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ds3
沉积日期 deposition_date	2024-09-26
最后修订 last_revision	2025-10-01
结构标题 title	Crystal structure of Apo-241_2F04 Fab
关键词 keywords	Antibody, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.75 Å
零角强度 I(0) i0	139217000.00
分子量 molecular_weight	94979.0 kDa
排除体积 excluded_volume	118510 Å³
包络体积 envelope_volume	166260 Å³
水化壳体积 shell_volume	36214 Å³
包络直径 envelope_diameter	127.5 Å
壳层 Rg shell_rg	43.49 Å
包络 Rg envelope_rg	38.79 Å
形状 Rg shape_rg	39.70 Å
总 Rg total_rg	40.13 Å
总原子数 total_atoms	6688
残基数 n_residues	880
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	126.8 Å
Rg (实空间) rg_real	39.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3920e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7880e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	139200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8392
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	34.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.296
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.787
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9416000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.904; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.814; Smooth: 0.380

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	241_2F04, Heavy chain
分子量 formula_weight	24169.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7424

EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAVSGFTFSKYAMNWVRQAPGKGLEWVSHISGSGISTYYADSVKGRFTISRDTSKNMLYLQMNSLRAEDTAIYYCAKDAISGQIWLQGTFDYWGQGTLVTVFNQIKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 2 polymer

描述 description	241_2F04, Light chain
分子量 formula_weight	23493.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,C

EIVMTQSPATLSVSPGERATLSCRASQSVSSNLAWYQQKPGQAPRLLIYGASTRATGIPPRFSGSGSGTEFSLTISSLQSEDFAVYYCQQYNNWPPITFGQGTRLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	736

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	151.950 Å
晶胞边长 b length_b	117.973 Å
晶胞边长 c length_c	93.428 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	120.10 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	37.670 Å
R 因子 r_factor	0.2085
R_work r_work	0.2072
R_free r_free	0.2344

fit	/app/data/saxs_computation/ds/9ds3/9ds3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ds/9ds3/9ds3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ds/9ds3/9ds3.dat

Crystal structure of Apo-241_2F04 Fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)