9dsb

Crystal Structure of Spermin/spermidine N-Acetyltransferase from Enterococcus faecalis V583

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 65.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9dsb
沉积日期 deposition_date	2024-09-26
结构标题 title	Crystal Structure of Spermin/spermidine N-Acetyltransferase from Enterococcus faecalis V583
关键词 keywords	;GCN5-related N-acetyltransferase (GNAT), polyamine acetyltransferase, Structural Genomics, Center for Structural Biology of Infectious Diseases, CSBID, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.15 Å
零角强度 I(0) i0	21505600.00
分子量 molecular_weight	34832.0 kDa
排除体积 excluded_volume	43205 Å³
包络体积 envelope_volume	49599 Å³
水化壳体积 shell_volume	21355 Å³
包络直径 envelope_diameter	66.2 Å
壳层 Rg shell_rg	25.86 Å
包络 Rg envelope_rg	19.43 Å
形状 Rg shape_rg	19.13 Å
总 Rg total_rg	20.11 Å
总原子数 total_atoms	2438
残基数 n_residues	293
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	65.7 Å
Rg (实空间) rg_real	20.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1510e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3940e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21510000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8829
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.257
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.310
角度范围 angular_range	— – 0.3950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9198000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.826; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.999

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Spermine/spermidine acetyltransferase
分子量 formula_weight	17685.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2704

SNAMEIHFEKVTSDNRKAVENLQVFAEQQAFIESMAENLKESDQFPEWESAGIYDGNQLIGYAMYGRWQDGRVWLDRFLIDQRFQGQGYGKAACRLLMLKLIEKYQTNKLYLSVYDTNSSAIRLYQQLGFVFNGELDTNGERVMEWTHQNK

来源 Source

来源生物 organism	Enterococcus faecalis V583
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	226185
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	162

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	90.296 Å
晶胞边长 b length_b	90.296 Å
晶胞边长 c length_c	34.775 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 3
空间群编号 int_tables_number	143
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	39.100 Å
R 因子 r_factor	0.1650
R_work r_work	0.1629
R_free r_free	0.2036

fit	/app/data/saxs_computation/ds/9dsb/9dsb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ds/9dsb/9dsb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ds/9dsb/9dsb.dat