9dsn

D306A Mutant of M.tuberculosis MenD (SEPHCHC Synthase)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 115.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9dsn
沉积日期 deposition_date	2024-09-28
结构标题 title	D306A Mutant of M.tuberculosis MenD (SEPHCHC Synthase)
关键词 keywords	;Mycobaterium tuberculosis, menaquinone biosynthesis, MenD, SEPHCHC synthase, allosteric regulator, DHNA, cooperativity, allostery mutant, BIOSYNTHETIC PROTEIN ;; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.02 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.04 Å
零角强度 I(0) i0	774593000.00
分子量 molecular_weight	222800.0 kDa
排除体积 excluded_volume	277450 Å³
包络体积 envelope_volume	349850 Å³
水化壳体积 shell_volume	74098 Å³
包络直径 envelope_diameter	112.4 Å
壳层 Rg shell_rg	46.39 Å
包络 Rg envelope_rg	36.76 Å
形状 Rg shape_rg	37.05 Å
总 Rg total_rg	37.55 Å
总原子数 total_atoms	15678
残基数 n_residues	2130
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	115.0 Å
Rg (实空间) rg_real	37.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.7460e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2170e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	774700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8302
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	49.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.095
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.563
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	169600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.939; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
分子量 formula_weight	60024.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.2.1.9
突变 mutation	D306A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,B,C
原子数 atom_count	16234

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMNPSTTQARVVVDELIRGGVRDVVLCPGSRNAPLAFALQDADRSGRIRLHVRIDERTAGYLAIGLAIGAGAPVCVAMTSGTAVANLGPAVVEANYARVPLIVLSANRPYELLGTGANQTMEQLGYFGTQVRASISLGLAEDAPERTSALNATWRSATCRVLAAATGARTANAGPVHFDIPLREPLVPDPEPLGAVTPPGRPAGKPWTYTPPVTFDQPLDIDLSVDTVVISGHGAGVHPNLAALPTVAEPTAPRSGDNPLHPLALPLLRPQQVIMLGRPTLHRPVSVLLADAEVPVFALTTGPRWPAVSGNSQATGTRAVTTGAPRPAWLDRCAAMNRHAIAAVREQLAAHPLTTGLHVAAAVSHALRPGDQLVLGASNPVRDVALAGLDTRGIRVRSNRGVAGIDGTVSTAIGAALAYEGAHERTGSPDSPPRTIALIGDLTFVHDSSGLLIGPTEPIPRSLTIVVSNDNGGGIFELLEQGDPRFSDVSSRIFGTPHDVDVGALCRAYHVESRQIEVDELGPTLDQPGAGMRVLEVKADRSSLRQLHAAIKAAL

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis H37Rv
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis

Entity 2 non-polymer

描述 description	FORMIC ACID
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 3 non-polymer

描述 description	THIAMINE DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	425.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,4-dihydroxy-2-naphthoic acid
分子量 formula_weight	204.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	461

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	101.217 Å
晶胞边长 b length_b	139.257 Å
晶胞边长 c length_c	181.625 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	48.750 Å
R 因子 r_factor	0.1937
R_work r_work	0.1918
R_free r_free	0.2284

fit	/app/data/saxs_computation/ds/9dsn/9dsn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ds/9dsn/9dsn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ds/9dsn/9dsn.dat