9dtv

Structure of D141A mutant of M.tuberculosis MenD (SEPHCHC Synthase)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 107.8 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9dtv
沉积日期 deposition_date	2024-10-02
结构标题 title	Structure of D141A mutant of M.tuberculosis MenD (SEPHCHC Synthase)
关键词 keywords	M.tuberculosis, Menaquinone biosynthesis, allostery, DHNA, MenD mutant D141A, SEPHCHC Synthase mutant, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.16 Å
零角强度 I(0) i0	787717000.00
分子量 molecular_weight	224600.0 kDa
排除体积 excluded_volume	279640 Å³
包络体积 envelope_volume	355180 Å³
水化壳体积 shell_volume	74933 Å³
包络直径 envelope_diameter	113.5 Å
壳层 Rg shell_rg	46.55 Å
包络 Rg envelope_rg	36.90 Å
形状 Rg shape_rg	37.16 Å
总 Rg total_rg	37.67 Å
总原子数 total_atoms	15799
残基数 n_residues	2144
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	107.8 Å
Rg (实空间) rg_real	37.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.15 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.5930e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.9630e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	787900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6809
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	0
主峰位置 r_peak_primary	— Å
偏度 Skewness skewness	0.105
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.551
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	3.6390
最高正则化参数 α highest_alpha	172800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.987; Stabil: 0.912; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.189

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
分子量 formula_weight	60024.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.2.1.9
突变 mutation	D141A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,B,C
原子数 atom_count	16050

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMNPSTTQARVVVDELIRGGVRDVVLCPGSRNAPLAFALQDADRSGRIRLHVRIDERTAGYLAIGLAIGAGAPVCVAMTSGTAVANLGPAVVEANYARVPLIVLSANRPYELLGTGANQTMEQLGYFGTQVRASISLGLAEAAPERTSALNATWRSATCRVLAAATGARTANAGPVHFDIPLREPLVPDPEPLGAVTPPGRPAGKPWTYTPPVTFDQPLDIDLSVDTVVISGHGAGVHPNLAALPTVAEPTAPRSGDNPLHPLALPLLRPQQVIMLGRPTLHRPVSVLLADAEVPVFALTTGPRWPDVSGNSQATGTRAVTTGAPRPAWLDRCAAMNRHAIAAVREQLAAHPLTTGLHVAAAVSHALRPGDQLVLGASNPVRDVALAGLDTRGIRVRSNRGVAGIDGTVSTAIGAALAYEGAHERTGSPDSPPRTIALIGDLTFVHDSSGLLIGPTEPIPRSLTIVVSNDNGGGIFELLEQGDPRFSDVSSRIFGTPHDVDVGALCRAYHVESRQIEVDELGPTLDQPGAGMRVLEVKADRSSLRQLHAAIKAAL

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis H37Rv
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis

Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

Entity 4 non-polymer

描述 description	THIAMINE DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	425.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,4-dihydroxy-2-naphthoic acid
分子量 formula_weight	204.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	143

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	101.425 Å
晶胞边长 b length_b	140.443 Å
晶胞边长 c length_c	184.141 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.420 Å
最低分辨率 resolution_low	44.420 Å
R 因子 r_factor	0.1953
R_work r_work	0.1933
R_free r_free	0.2335

fit	/app/data/saxs_computation/dt/9dtv/9dtv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dt/9dtv/9dtv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dt/9dtv/9dtv.dat