SAXSdb — 9dvb

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9dvb
沉积日期 deposition_date	2024-10-07
结构标题 title	Thermus thermophilus MreC-MreD complex with an internal MreD BRIL fusion and an anti-BRIL Fab
关键词 keywords	Peptidoglycan synthesis regulator, S-component fold, Rod complex, SEDS activator, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.61 Å
零角强度 I(0) i0	317109000.00
分子量 molecular_weight	152610.0 kDa
排除体积 excluded_volume	194230 Å³
包络体积 envelope_volume	272260 Å³
水化壳体积 shell_volume	57806 Å³
包络直径 envelope_diameter	134.8 Å
壳层 Rg shell_rg	44.23 Å
包络 Rg envelope_rg	40.21 Å
形状 Rg shape_rg	40.61 Å
总 Rg total_rg	40.81 Å
总原子数 total_atoms	10802
残基数 n_residues	1410
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	133.6 Å
Rg (实空间) rg_real	40.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1710e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.7940e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	317100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8567
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	43.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.468
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.245
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	31810000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.813; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.708

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Soluble cytochrome b562
分子量 formula_weight	12760.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,N
原子数 atom_count	10802

HAAVAAAEATIKPAFETLNDNLKVIEKADNAAQVKDALTKMRAAALDAQKATPPKLEDKSPDSPEMKDFRHGFDILVGQIDDALKLANEGKVKEAQAAAEQLKTTLAELQKRYWART

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Cell shape-determining protein MreC
分子量 formula_weight	27798.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,O

MREHLLPRFLLALLLALGLALAALTRPLAPGFALSFSPLTAFPLHLGHRLGQNLRAAWSALSARQDLLAENQRLKEEVARLTTENARLRLEVARLARALEVKAGQAPGVVAVAPVVAEDASGLYRRLVLGLGSQDGLRPGMPVTAPQGLVGLVVEVEAHRALVRTLLDPESRVGVRVGEKPGRGVARGAPPGLLVAEFPPTVAVAPGDLLLTGATLGLFPDGIPVGRVERVERAQGGLKVRAWARPLVDLSLLEEVVVLRPL

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Rod shape-determining protein MreD
分子量 formula_weight	16668.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,P

MALVYLVLLLFLSGLLQALLPEGWPAPDLFLVYALWLAASRPPLLGLALAFLVGLLQDLLGFGLLGLHAVGLLLAAYAYYGAARYLDLRSPAGALAAFALAFLGKWFGYFLVAYWLRLDLPALFPWLPLGEGLLSLAFFWPLRPKAREEPKA

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	BAG2 anti-BRIL Fab heavy chain
分子量 formula_weight	24279.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,W

EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNVVDFSLHWVRQAPGKGLEWVAYISSSSGSTSYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARWGYWPGEPWWKAFDYWGQGTLVTVFNQIKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCD

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 polymer

描述 description	BAG2 anti-BRIL Fab light chain
分子量 formula_weight	23541.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,X

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASSLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYYSLVTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	166346

fit	/app/data/saxs_computation/dv/9dvb/9dvb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dv/9dvb/9dvb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dv/9dvb/9dvb.dat

Thermus thermophilus MreC-MreD complex with an internal MreD BRIL fusion and an anti-BRIL Fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)