9dvt

;Cryo-EM structure of RpaA bound to PkaiBC DNA and the CTD of the alpha subunit of RNAP from the cyanobacterium Synechococcus elongatus ;

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 111.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9dvt
沉积日期 deposition_date	2024-10-08
结构标题 title	;Cryo-EM structure of RpaA bound to PkaiBC DNA and the CTD of the alpha subunit of RNAP from the cyanobacterium Synechococcus elongatus ;
关键词 keywords	alpha subunit of RNAP, PkaiBC DNA, RpaA, transcription factor, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.24 Å
零角强度 I(0) i0	177211000.00
分子量 molecular_weight	91913.0 kDa
排除体积 excluded_volume	109000 Å³
包络体积 envelope_volume	156740 Å³
水化壳体积 shell_volume	40307 Å³
包络直径 envelope_diameter	117.6 Å
壳层 Rg shell_rg	38.99 Å
包络 Rg envelope_rg	32.79 Å
形状 Rg shape_rg	33.14 Å
总 Rg total_rg	33.92 Å
总原子数 total_atoms	6369
残基数 n_residues	677
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	111.8 Å
Rg (实空间) rg_real	34.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.92 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7720e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9810e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	177200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8971
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.272
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.482
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13350000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.945; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.826

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Non-template DNA
分子量 formula_weight	32396.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	6369

CTGAAAACCTGAAAAGGTAAAGGAGGTCTTAAGCTCGGCTCAATTTCTCTCTTTATCCTGTTAGATGGTTTGATTGCTGTTGCTACCCCGTTGATCTGCGTATGA

Entity 2 polymer

描述 description	Template DNA
分子量 formula_weight	32384.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	2

TCATACGCAGATCAACGGGGTAGCAACAGCAATCAAACCATCTAACAGGATAAAGAGAGAAATTGAGCCGAGCTTAAGACCTCCTTTACCTTTTCAGGTTTTCAG

Entity 3 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
分子量 formula_weight	33814.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MTFQVECVESRTEADQGQYGRFSIEPLARGQGTTVGNALRRVLLSNLEGTAVTAVRIGGVNHEFATIPGVREDVLDILLNVRELVVHAHSPQPQIGRLRVVGPATVTAADVDFGPEVEVINPNHYIASLSEGATLEMELKVEWGTGYRAIDRSHDETTALDFLQLDAVFMPVRRVNYSVEDARVGESTAIDRLVLEVWTNGSLSPQEALSQAASCLVALFEPLKNVSVGSTHTADPEPTPESQTPIEDLQLSVRAYNCLKRAQVNSVADLLSYTYEDLLEIKNFGQKSAEEVVEALERIGIKLQESKVS

来源 Source

来源生物 organism	Synechococcus elongatus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32046
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	DNA-binding dual master transcriptional regulator RpaA
分子量 formula_weight	28582.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R,S

MKPRILVIDDDSAILELVAVNLEMSGYDVRKAEDGIKGQALAVQLVPDLIMLDLMLPRVDGFTVCQRLRRDERTAEIPVLMLTALGQTQDKVEGFNAGADDYLTKPFEVEEMLARVRALLQRTDRIPHAARHSEILSYGPLTLIPERFEAIWFNRTVKLTHLEFELLHCLLQRHGQTVAPSEILKEVWGYDPDDDIETIRVHIRHLRTKLEPDPRHPRYIKTVYGAGYCLELPAETELHQHADQFPSAS

来源 Source

来源生物 organism	Synechococcus elongatus PCC 7942 = FACHB-805
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1140
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 polymer

描述 description	RNA polymerase sigma factor SigA1
分子量 formula_weight	45776.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MTQLISIDKEQEEAGMTQATELLDPALKPAETKAKRSSRKKATTAVVEPATTIAPTADVDAIDDEDSVGEDEDAAAKAKAKVRKTYTEDSIRLYLQEIGRIRLLRADEEIELARQIADLLALERIRDELLEQLDRLPSDAEWAAAVDSPLDEFRRRLFRGRRAKDKMVQSNLRLVVSIAKKYMNRGLSFQDLIQEGSLGLIRAAEKFDHEKGYKFSTYATWWIRQAITRAIADQSRTIRLPVHLYETISRIKKTTKLLSQEMGRKPTEEEIATRMEMTIEKLRFIAKSAQLPISLETPIGKEEDSRLGDFIEADGETPEDEVAKNLLREDLEGVLSTLSPRERDVLRLRYGLDDGRMKTLEEIGQLFNVTRERIRQIEAKALRKLRHPNRNSILKEYIR

来源 Source

来源生物 organism	Synechococcus elongatus PCC 7942 = FACHB-805
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1140
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.74 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	81192

fit	/app/data/saxs_computation/dv/9dvt/9dvt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dv/9dvt/9dvt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dv/9dvt/9dvt.dat

;Cryo-EM structure of RpaA bound to PkaiBC DNA and the CTD of the alpha subunit of RNAP from the cyanobacterium Synechococcus elongatus ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)