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CryoEM structure of RpaA bound to PkaiBC DNA and Syn7942 RNAP-SigA holoenzyme

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 204.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9dvu
沉积日期 deposition_date	2024-10-08
结构标题 title	CryoEM structure of RpaA bound to PkaiBC DNA and Syn7942 RNAP-SigA holoenzyme
关键词 keywords	SigA, RNAP, TAC, RpaA, Response regulator, transcriptional regulator, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	60.16 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	59.23 Å
零角强度 I(0) i0	3983150000.00
分子量 molecular_weight	503060.0 kDa
排除体积 excluded_volume	619130 Å³
包络体积 envelope_volume	988840 Å³
水化壳体积 shell_volume	137980 Å³
包络直径 envelope_diameter	220.8 Å
壳层 Rg shell_rg	62.12 Å
包络 Rg envelope_rg	58.37 Å
形状 Rg shape_rg	59.21 Å
总 Rg total_rg	59.37 Å
总原子数 total_atoms	35249
残基数 n_residues	4303
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	204.5 Å
Rg (实空间) rg_real	60.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9830e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.4530e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	60.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3984000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8557
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	70.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.367
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.139
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	360500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.812; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.965; Smooth: 0.721

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

描述 description	Non-template DNA
分子量 formula_weight	32396.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	35249

CTGAAAACCTGAAAAGGTAAAGGAGGTCTTAAGCTCGGCTCAATTTCTCTCTTTATCCTGTTAGATGGTTTGATTGCTGTTGCTACCCCGTTGATCTGCGTATGA

Entity 2 polymer

描述 description	Template DNA
分子量 formula_weight	32384.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	2

TCATACGCAGATCAACGGGGTAGCAACAGCAATCAAACCATCTAACAGGATAAAGAGAGAAATTGAGCCGAGCTTAAGACCTCCTTTACCTTTTCAGGTTTTCAG

Entity 3 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
分子量 formula_weight	33814.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

MTFQVECVESRTEADQGQYGRFSIEPLARGQGTTVGNALRRVLLSNLEGTAVTAVRIGGVNHEFATIPGVREDVLDILLNVRELVVHAHSPQPQIGRLRVVGPATVTAADVDFGPEVEVINPNHYIASLSEGATLEMELKVEWGTGYRAIDRSHDETTALDFLQLDAVFMPVRRVNYSVEDARVGESTAIDRLVLEVWTNGSLSPQEALSQAASCLVALFEPLKNVSVGSTHTADPEPTPESQTPIEDLQLSVRAYNCLKRAQVNSVADLLSYTYEDLLEIKNFGQKSAEEVVEALERIGIKLQESKVS

来源 Source

来源生物 organism	Synechococcus elongatus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32046
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit beta
分子量 formula_weight	123428.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MAEQTQLAPAAFHLPDLVAIQRNSFRWFLEEGLIEELESFSPITDYTGKLELHFLGKQYKLKRPKYDVDEAKRRDGTYSVQMYVPTRLINKETGEIKEQEVFIGDLPLMTDRGTFIINGAERVIVNQIVRSPGVYYKSERDKNGRLTHNASLIPNRGAWLKFETDKNGLVWVRIDKTRKLSAQVLLKALGLSDNEIYDKLRHPEYYQKTIDKEGQFSEDEALMELYRKLRPGEPPTVSGGQQLLESRFFDPKRYDLGRVGRYKLNKKLGLNVADTVRTLTSEDILAAIDYLINLELDLGGCEVDDIDHLGNRRVRSVGELLQNQVRVGLNRLERIIRERMTVSDSDSLSPASLVNPKPLVAAIKEFFGSSQLSQFMDQTNPLAELTHKRRLSALGPGGLTRERAGFAVRDIHPSHYGRICPIETPEGPNAGLIGSLATHARVNDYGFIETPFWRVEEGRVRKDLAPVYMTADQEDDLRVAPGDVATDDAGYILGTTIPVRYRQDFTTTTPERVDYVALSPVQIISVATSLIPFLEHDDANRALMGSNMQRQAVPLLRPERPLVGTGLEPQAARDSGMVITSPVDGTISYVDATHIEVTADTGEKYGYALQKYQRSNQDTCLNQRPIVFEGDRVQRGQVIADGSATEKGELALGQNILVAYMPWEGYNYEDAILISERLVYDDVYTSIHIEKFEIEARQTKLGPEEITREIPNVGEDALRQLDENGIIRVGAWVESGDILVGKVTPKGESDQPPEEKLLRAIFGEKARDVRDNSLRVPNGEKGRVVDVRLFTREQGDELPPGANMVVRVYVAQKRKIQVGDKMAGRHGNKGIISRILPCEDMPYLPDGTPLDIVLNPLGVPSRMNVGQVFECMLGWAGQLLDARFKVTPFDEMYGAEASRLTVNAKLSEAREQTGQPWVFSDDEPGKIQVYDGRTGEPFDRPVTVGRAYMLKLVHLVDDKIHARSTGPYSLVTQQPLGGKAQQGGQRFGEMEVWALEAYGAAYILQELLTVKSDDMQGRNEALNAIVKGKAIPRPGTPESFKVLMRELQSLCLDIAVYKASTEDYEEDKEVDLMADVNQRRTPSRPTYESMSVGDIDDDDD

来源 Source

来源生物 organism	Synechococcus elongatus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32046
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit gamma
分子量 formula_weight	71054.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MAKQEQRFDYVKIALASPERIRQWGERTLPNGQVVGEVTKPETINYRTLKPEMDGLFCEKIFGPAKDWECHCGKYKRVRHRGIVCERCGVEVTESRVRRHRMGFIKLAAPVAHVWYLKGIPSYIAILLDMPLRDVEQIVYFNSYVVLNPGNHSELQYKQLLNEDQWMEIEDQIYAEESDLEGIEVGIGAEALQQLLQDLNLNEESEKLRQEIAESKGQKRAKLIKRLRVIDNFIGTESRPEWMVLNVIPVIPPDLRPMVQLDGGRFATSDLNDLYRRVINRNNRLARLQEILAPEIIVRNEKRMLQEAVDALIDNGRRGRTVVGANNRPLKSLSDIIEGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVIVVGPNLKIHQCGLPREMAIELFQPFVIHRLIKNHSINNIKQAKKLIQKNDPLIWDVLEEVIEGHPVMLNRAPTLHRLGIQAFEPILVEGRAIQLHPLVCPAFNADFDGDQMAVHVPLSIEAQAEARMLMLASGNILSPATGQPIVTPSQDMVLGCYYLTAENPGAQKGAGRYFANLEDAIRAFEQGSVDLHAWVWVRFDGEVESEGESDEPESVVAADDGTVTKTYRFRRIRETEDGQRLSQYVKTTPGRILFNNTVQTALIH

来源 Source

来源生物 organism	Synechococcus elongatus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32046
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 6 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit omega
分子量 formula_weight	8788.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MLQRFDLDSQDLLFKAESLIVNSTNRYHVTLQIARRAKQARYEEMENLSEETGIKPVLRAILEMSDELNQPEIIGG

来源 Source

来源生物 organism	Synechococcus elongatus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32046
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 7 polymer

描述 description	;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;
分子量 formula_weight	144006.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MAEAKSAPIFRNRVIDKKQLKKLIGWTFAHYGTAKTAVVADDLKALGFRYATRAGVSISIDDLKVPGSKAELLESAEKRIQETEDRYTRGEITEVERFQKVIDTWANTNDELTDRVVKNFRESDPLNSVYMMAFSGARGNISQVRQLVGMRGLMANPQGEIIDLPIKTNFREGLTVTEYIISSYGARKGLVDTALRTADSGYLTRRLVDVSQDVIIHEVDCGTSRGLFVEAMTDGDRILIPISQRLLGRVTAEAVLDPSTDEVLAEAGQDINEDLANRIEKAGIKKVKVRSPLTCEAARSVCQKCYGWSLAHAQMVDMGEAVGIIAAQSIGEPGTQLTMRTFHTGGVFTGETARLLRAPVAGTIKLGKKARTRPYRTRHGEEALLAEANFDLVLEGKGRKETFAILQGSTIFVQDGDKVAAEAILAEVPVSGRTKRTVEKATKDVATDLAGEIRFQDIVPEEKTDRQGNTTRIAQRGGLLWVLAGDVYNLLPGAEPTVKNGDRVEVGDVLAETKLTTERGGTVRMGEDNGSSTHREVEIITASVVLDTATVKAEASQGREHYVIETKGGQRFNLLAAPGTKVTTGHVVAELIDSRYRTQTGGLLKYSGVEISKKGRAKAKQGYEVTKGGTLLWIPEETHEVNKDISLLNVEDGQLVEAGTEVVKDIFCQTTGIVSVTQNNDILREIVIKPGDVHVLDDPDTAAKYDEGRLVNAGEEVFPGLTAEQLVWAEAVDGTDGPLLLLRPVQELVIPDEPPVPSQDSSQESSSRSIRLRAVQRLQFQDGERIKSVEGVDLLRTQLVLESEEGSSQLSADIELLPDSKDPETLRLQLVIIEPVVIRRDVASDTTHGSTHTELRVKDGQKVKPGAVIACTQIQCKEAGVVRGIQEGSEAVRRLLVERERDCVTLDLDVTAATQLQPGSLIVAGTQLVDGIIAPESGEVRAIAPGQLQLRIARPYRVSQGAVLHVEDKGLVQRGDNLVLLVFERAKTGDIIQGLPRIEELLEARKPKEACILARRPGVAHINYSDDDAIDIQVIEADGTQADYPVGPGQPLIISDGETVDAGQALTDGPANPHDLLEIYYDYFREQLGEDYEAALESLRRVQALLVNEVQSVYQSQGIDISDKHIEVIVRQMTSKVRIDDGGDTIMLPGELHELREVYNSNNTMALTGMAPAQFTPVLLGITKASLNTNSFISAASFQETTRVLTEAAIEGKSDWLRGLKENVIIGRLIPAGTGFKAYEESLLTDVDGGYEDRVYDDDLADVVIDDRAARSYTLNEGRDFSRSMTFAEGESMILDDGEELIDDSSASLRNLVDVDED

来源 Source

来源生物 organism	Synechococcus elongatus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32046
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 8 polymer

描述 description	RNA polymerase sigma factor SigA1
分子量 formula_weight	45776.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MTQLISIDKEQEEAGMTQATELLDPALKPAETKAKRSSRKKATTAVVEPATTIAPTADVDAIDDEDSVGEDEDAAAKAKAKVRKTYTEDSIRLYLQEIGRIRLLRADEEIELARQIADLLALERIRDELLEQLDRLPSDAEWAAAVDSPLDEFRRRLFRGRRAKDKMVQSNLRLVVSIAKKYMNRGLSFQDLIQEGSLGLIRAAEKFDHEKGYKFSTYATWWIRQAITRAIADQSRTIRLPVHLYETISRIKKTTKLLSQEMGRKPTEEEIATRMEMTIEKLRFIAKSAQLPISLETPIGKEEDSRLGDFIEADGETPEDEVAKNLLREDLEGVLSTLSPRERDVLRLRYGLDDGRMKTLEEIGQLFNVTRERIRQIEAKALRKLRHPNRNSILKEYIR

来源 Source

来源生物 organism	Synechococcus elongatus PCC 7942 = FACHB-805
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1140
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 9 polymer

描述 description	DNA-binding dual master transcriptional regulator RpaA
分子量 formula_weight	28582.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R,S

MKPRILVIDDDSAILELVAVNLEMSGYDVRKAEDGIKGQALAVQLVPDLIMLDLMLPRVDGFTVCQRLRRDERTAEIPVLMLTALGQTQDKVEGFNAGADDYLTKPFEVEEMLARVRALLQRTDRIPHAARHSEILSYGPLTLIPERFEAIWFNRTVKLTHLEFELLHCLLQRHGQTVAPSEILKEVWGYDPDDDIETIRVHIRHLRTKLEPDPRHPRYIKTVYGAGYCLELPAETELHQHADQFPSAS

来源 Source

来源生物 organism	Synechococcus elongatus PCC 7942 = FACHB-805
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1140
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 10 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 11 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	221552

fit	/app/data/saxs_computation/dv/9dvu/9dvu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dv/9dvu/9dvu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dv/9dvu/9dvu.dat

CryoEM structure of RpaA bound to PkaiBC DNA and Syn7942 RNAP-SigA holoenzyme

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)