9dwz

Light Harvesting complex 3 (LH3), B800-B820, of Rhodoblastus (Rbl.) acidophilus strain 7750

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 83.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9dwz
沉积日期 deposition_date	2024-10-10
结构标题 title	Light Harvesting complex 3 (LH3), B800-B820, of Rhodoblastus (Rbl.) acidophilus strain 7750
关键词 keywords	Light Harvesting, acclimation, stress, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.47 Å
零角强度 I(0) i0	124753000.00
分子量 molecular_weight	122880.0 kDa
排除体积 excluded_volume	167970 Å³
包络体积 envelope_volume	192470 Å³
水化壳体积 shell_volume	49738 Å³
包络直径 envelope_diameter	86.8 Å
壳层 Rg shell_rg	40.16 Å
包络 Rg envelope_rg	29.62 Å
形状 Rg shape_rg	30.48 Å
总 Rg total_rg	31.59 Å
总原子数 total_atoms	8766
残基数 n_residues	792
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	83.0 Å
Rg (实空间) rg_real	32.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2480e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5130e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	124800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8367
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	46.7 Å
偏度 Skewness skewness	-0.223
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.591
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	29080000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.960; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.001

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Light-harvesting protein B-800/820 alpha chain
分子量 formula_weight	5113.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	9

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K,M,O,Q
原子数 atom_count	8766

MNQGKIWTVVNPAVGLPLLLGSVAITALLVHLAVLTHTTWFPAFQQGG

Entity 2 polymer

描述 description	Light-harvesting protein B-800/820 beta-2 chain
分子量 formula_weight	4553.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	9

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L,N,P,R

AVLSPEQSEELHKYVIDGARAFLGIALVAHFLAFSLTPWLH

Entity 3 non-polymer

描述 description	BACTERIOCHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	911.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	27

Entity 4 non-polymer

描述 description	LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE
分子量 formula_weight	229.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-Dihydro-psi,psi-caroten-1-ol
分子量 formula_weight	554.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 6 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

▶

7. 引用文献 (1)

▶

分辨率 resolution	2.35 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	49453

fit	/app/data/saxs_computation/dw/9dwz/9dwz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dw/9dwz/9dwz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dw/9dwz/9dwz.dat

Light Harvesting complex 3 (LH3), B800-B820, of Rhodoblastus (Rbl.) acidophilus strain 7750

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)