9dx6

Crystal structure of Plasmodium vivax (Palo Alto) PvAMA1 in complex with human Fab 826827

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 138.6 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9dx6
沉积日期 deposition_date	2024-10-10
结构标题 title	Crystal structure of Plasmodium vivax (Palo Alto) PvAMA1 in complex with human Fab 826827
关键词 keywords	inhibitory antibody, complex, Plasmodium vivax, cell invasion; CELL INVASION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.99 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.86 Å
零角强度 I(0) i0	132810000.00
分子量 molecular_weight	90871.0 kDa
排除体积 excluded_volume	112690 Å³
包络体积 envelope_volume	146730 Å³
水化壳体积 shell_volume	35838 Å³
包络直径 envelope_diameter	145.8 Å
壳层 Rg shell_rg	38.38 Å
包络 Rg envelope_rg	39.45 Å
形状 Rg shape_rg	38.82 Å
总 Rg total_rg	38.94 Å
总原子数 total_atoms	6395
残基数 n_residues	840
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	138.6 Å
Rg (实空间) rg_real	38.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.92 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3280e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5350e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	132700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7301
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.748
峰度 Kurtosis kurtosis	0.008
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16130000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.479; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.481; Smooth: 0.569

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Apical merozoite protein 1
分子量 formula_weight	54376.1 kDa
突变 mutation	S178N, N226D, N441Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6654

HHHHHHGRNQKPSRLTRSANNVLLEKGPTVERSTRMSNPWKAFMEKYDIERTHSSGVRVDLGEDAEVENAKYRIPAGRCPVFGKGIVIENSAVSFLKPVATGDQRLKDGGFAFPNANDHISPMTLENLKARYKDNVEMMKLNDIALCRTHAASFVMAGDQNSNYRHPAVYDEKEKTCHMLYLSAQENMGPRYCSPDAQNRDAVFCFKPDKDESFENLVYLSKNVRNDWDKKCPRKNLGNAKFGLWVDGNCEEIPYVKEVEAKDLRECNRIVFEASASDQPTQYEEEMTDYQKIQQGFRQNNREMIKSAFLPVGAFNSDNFKSKGRGFNWANFDSVKKKCYIFNTKPTCLINDKNFIATTALSHPREVDLEFPCSIYKDEIEREIKKQSRNMNLYSVDGERIVLPRIFISNDKESIKCPCEPEHISQSTCNFYVCNCVEKRAEIKENNQVVIKEEFRDYYENGEEKSNKQGS

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium vivax
通用名 common_name	malaria parasite P. vivax
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5855
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	826827 Fab Heavy chain
分子量 formula_weight	24953.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

QLQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGGSVSSPGYYWSWIRQPPGQGLEWIGDIYYRGSSNQNPSLKSRVTTSVDTATNQFSLRLSSVTAADTAVYFCARSRGEGYCSFGTCYTLFYYFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	826827 Fab Light chain
分子量 formula_weight	23569.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

EIVMTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSISKTLAWYQQKPGQAPRLLIYSASTRASGVPARFSGSGSGTEFSLTISSLQSEDFAVYYCQQYNEWPPRPTFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	259

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	187.237 Å
晶胞边长 b length_b	54.461 Å
晶胞边长 c length_c	104.130 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.20 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	47.760 Å
R 因子 r_factor	0.1936
R_work r_work	0.1915
R_free r_free	0.2350

fit	/app/data/saxs_computation/dx/9dx6/9dx6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dx/9dx6/9dx6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dx/9dx6/9dx6.dat

Crystal structure of Plasmodium vivax (Palo Alto) PvAMA1 in complex with human Fab 826827

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)