9e15

Alpha-Delta heterodimeric form of soluble hydrogenase I from Pyrococcus furiosus. Data processed and model refined in P1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 209.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9e15
沉积日期 deposition_date	2024-10-21
结构标题 title	Alpha-Delta heterodimeric form of soluble hydrogenase I from Pyrococcus furiosus. Data processed and model refined in P1
关键词 keywords	Ni-Fe hydrogenase, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	62.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	62.14 Å
零角强度 I(0) i0	5222740000.00
分子量 molecular_weight	617860.0 kDa
排除体积 excluded_volume	774790 Å³
包络体积 envelope_volume	1045700 Å³
水化壳体积 shell_volume	137780 Å³
包络直径 envelope_diameter	215.2 Å
壳层 Rg shell_rg	65.78 Å
包络 Rg envelope_rg	60.63 Å
形状 Rg shape_rg	62.21 Å
总 Rg total_rg	61.94 Å
总原子数 total_atoms	42967
残基数 n_residues	5406
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	209.2 Å
Rg (实空间) rg_real	62.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.2230e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0940e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	62.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5227000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8857
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	83.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.105
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.578
角度范围 angular_range	— – 0.1250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	175200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	26
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.877; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.898

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Sulfhydrogenase 1 subunit delta
分子量 formula_weight	30141.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.12.1.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K,M,O
原子数 atom_count	43445

MHHHHHHHHHGKVRIGFYALTSCYGCQLQLAMMDELLQLIPNAEIVCWFMIDRDSIEDEKVDIAFIEGSVSTEEEVELVKKIRENAKIVVAVGACAVQGGVQSWSEKPLEELWKKVYGDAKVKFQPKKAEPVSKYIKVDYNIYGCPPEKKDFLYALGTFLIGSWPEDIDYPVCLECRLNGHPCILLEKGEPCLGPVTRAGCNARCPGFGVACIGCRGAIGYDVAWFDSLAKVFKEKGMTKEEIIERMKMFNGHDERVEKMVEKIFS

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2261
宿主生物 host_organism	Pyrococcus furiosus

Entity 2 polymer

描述 description	Sulfhydrogenase 1 subunit alpha
分子量 formula_weight	47913.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.12.1.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L,N,P

MKNLYLPITIDHIARVEGKGGVEIIIGDDGVKEVKLNIIEGPRFFEAITIGKKLEEALAIYPRICSFCSAAHKLTALEAAEKAVGFVPREEIQALREVLYIGDMIESHALHLYLLVLPDYRGYSSPLKMVNEYKREIEIALKLKNLGTWMMDILGSRAIHQENAVLGGFGKLPEKSVLEKMKAELREALPLAEYTFELFAKLEQYSEVEGPITHLAVKPRGDAYGIYGDYIKASDGEEFPSEKYRDYIKEFVVEHSFAKHSHYKGRPFMVGAISRVINNADLLYGKAKELYEANKDLLKGTNPFANNLAQALEIVYFIERAIDLLDEALAKWPIKPRDEVEIKDGFGVSTTEAPRGILVYALKVENGRVSYADIITPTAFNLAMMEEHVRMMAEKHYNDDPERLKILAEMVVRAYDPCISCSVH

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2261
宿主生物 host_organism	Pyrococcus furiosus

Entity 3 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

Entity 4 non-polymer

描述 description	CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON
分子量 formula_weight	135.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 5 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 6 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	370

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	94.235 Å
晶胞边长 b length_b	111.148 Å
晶胞边长 c length_c	141.091 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.06 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.02 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	35.840 Å
R 因子 r_factor	0.2674
R_work r_work	0.2669
R_free r_free	0.3055

fit	/app/data/saxs_computation/e1/9e15/9e15.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e1/9e15/9e15.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e1/9e15/9e15.dat

Alpha-Delta heterodimeric form of soluble hydrogenase I from Pyrococcus furiosus. Data processed and model refined in P1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)