9e26

Compact structure of CpaF with two ATPs and two ADPs (Under-saturated ATP/ADP dataset)

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 139.4 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9e26
沉积日期 deposition_date	2024-10-21
结构标题 title	Compact structure of CpaF with two ATPs and two ADPs (Under-saturated ATP/ADP dataset)
关键词 keywords	ATPase, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.37 Å
零角强度 I(0) i0	1117980000.00
分子量 molecular_weight	263140.0 kDa
排除体积 excluded_volume	324210 Å³
包络体积 envelope_volume	458850 Å³
水化壳体积 shell_volume	83083 Å³
包络直径 envelope_diameter	142.2 Å
壳层 Rg shell_rg	52.46 Å
包络 Rg envelope_rg	43.01 Å
形状 Rg shape_rg	43.50 Å
总 Rg total_rg	43.31 Å
总原子数 total_atoms	18444
残基数 n_residues	2532
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	139.4 Å
Rg (实空间) rg_real	44.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1180e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8260e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1118000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6649
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	58.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.099
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.528
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0005
最高正则化参数 α highest_alpha	208500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.916; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.005; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.894

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	CpaF
分子量 formula_weight	54373.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	18444

MFGKRDSSASGDPKAPPPAPAGGATIATRPQRVEPVAAPEPKAPAPKVSGPAPKPTVGLEQLRAAQGQPQTANIVREQSDYYHATKTTIFNALLNTIDLSQLAQLDLKQAGEEIRDIVAELVAIKNVSMSVAEQEHLVQDIINDVLGYGPLEPLLARDDIADIMVNGAHRVFIEVGGKVQLTNVRFRDNLQLMNICQRIVSQVGRRVDESSPICDARLPDGSRVNVIAPPLALDGPTLTIRKFKKDKLTMKNLVEFASISPEGARVLGVIGACRCNLVISGGTGSGKTTLLNTMTAFIDPTERVVTCEDAAELQLQQPHVVRLETRPPNLEGSGAVTMRDLVKNCLRMRPERIIVGEVRGPEAFDLLQAMNTGHDGSMGTLHANSPREAISRIESMITMGGYGLPSKTIKEMIVGSVDVIIQAARLRDGSRRITHITEVVGLEGDVIVTQDLFVYEITGEDEHGKVVGKHRSTGIARPRFWDRARYYGLERELAEALDAAE

来源 Source

来源生物 organism	Caulobacter vibrioides
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	565050
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▶

7. 引用文献 (1)

▶

分辨率 resolution	2.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	226031

fit	/app/data/saxs_computation/e2/9e26/9e26.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e2/9e26/9e26.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e2/9e26/9e26.dat