9e2l

Variediene synthase with one cyclase (conformation 2)

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 147.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9e2l
沉积日期 deposition_date	2024-10-22
结构标题 title	Variediene synthase with one cyclase (conformation 2)
关键词 keywords	Enzyme, terpene, bifunctional, variediene, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.08 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.81 Å
零角强度 I(0) i0	725872000.00
分子量 molecular_weight	219890.0 kDa
排除体积 excluded_volume	274490 Å³
包络体积 envelope_volume	386680 Å³
水化壳体积 shell_volume	72246 Å³
包络直径 envelope_diameter	152.5 Å
壳层 Rg shell_rg	49.48 Å
包络 Rg envelope_rg	43.68 Å
形状 Rg shape_rg	44.82 Å
总 Rg total_rg	44.99 Å
总原子数 total_atoms	15436
残基数 n_residues	1928
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	147.8 Å
Rg (实空间) rg_real	44.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.2590e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3270e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	726000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8967
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	54.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.170
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.543
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	65790000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.914; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.913

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Variediene synthase
分子量 formula_weight	82570.2 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.3.218,4.2.3.219,2.5.1.29,2.5.1.81
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	15436

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMSQSSDFILNSTLSSVVERSTPDIAGFCSGYELRRHHHEHLANEGSLRCRTDWEQFIGPIERWGSCNPWEGHFGAVVLPFCKPERLAVICYIFEYAFLYDNVVESAAKSTLNLNTDNIALDETEYRTVRSILGTKQIQSKMLLELLSIDAPRAEVVINSWKEMISTTAKKDKTRAFNNLEEYVDYRIIDTGAPFVDMLMRFGMGIMLTQEEQKRIEPIVKPCYAALGLANDYFSFDIEWEEFQAESDKTTMTNAVWLFMQWENLNAEQAKRRVQEVTKQYEQQYLRNIADFAAGEGKENIKLQTYLKAQGYQVPGNVAWSLRCPRYHPWLCKEAASLLHQDTIQELEAGRKPQALEEYRSRSHSESDLSDASPTFWSGSCRSSARSSVSSAFGPPDKDISITPAILGDEHLLGPAEYISSLPSKGVREAFIDGLNVWLVLPDHRVNQLKSIAQTLHNASLMLDDIEDHSPLRRGRPSTHMIFGTEQTINSANFLLIDVMEKVRQLDDPRCMDIYLEEMRNLFIGQSFDLYWTRNGECPSEEQYLDMIRQKTGGLFRLLTRMMVQIAPVQQKGLETQLASLSDVLGEFFQVRDDYKNLTEEYTGQKGFCEDLDECKFSYPLIHALTSQPKNVQLRGILQQSRSAGGLDVPLKETVLSHLRQAGSIEYTEAKMGELMEKITDSVVSLEGETGSPNWVVRLLIHRLKV

来源 Source

来源生物 organism	Aspergillus stellatus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1549217
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	PYROPHOSPHATE 2-
分子量 formula_weight	176.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.08 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	294185

fit	/app/data/saxs_computation/e2/9e2l/9e2l.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e2/9e2l/9e2l.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e2/9e2l/9e2l.dat