9e3p

Cryo-EM structure of the human P2X7 receptor in the UB-MBX-46-bound inhibited state

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 152.0 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9e3p
沉积日期 deposition_date	2024-10-23
最后修订 last_revision	2025-09-24
结构标题 title	Cryo-EM structure of the human P2X7 receptor in the UB-MBX-46-bound inhibited state
关键词 keywords	Membrane Protein, Ion Channel, Ligand-Gated Ion Channel, P2X Receptor, P2XR, Allosteric Antagonist, Agonist; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	52.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.71 Å
零角强度 I(0) i0	546414000.00
分子量 molecular_weight	200540.0 kDa
排除体积 excluded_volume	252970 Å³
包络体积 envelope_volume	362010 Å³
水化壳体积 shell_volume	61603 Å³
包络直径 envelope_diameter	159.5 Å
壳层 Rg shell_rg	50.55 Å
包络 Rg envelope_rg	50.89 Å
形状 Rg shape_rg	51.41 Å
总 Rg total_rg	52.76 Å
总原子数 total_atoms	27883
残基数 n_residues	1635
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	152.0 Å
Rg (实空间) rg_real	53.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.4640e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.5700e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	52.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	545900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7430
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	40.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.358
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.982
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	106200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.636; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.747; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	P2X purinoceptor 7
分子量 formula_weight	68671.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	28156

MPACCSCSDVFQYETNKVTRIQSMNYGTIKWFFHVIIFSYVCFALVSDKLYQRKEPVISSVHTKVKGIAEVKEEIVENGVKKLVHSVFDTADYTFPLQGNSFFVMTNFLKTEGQEQRLCPEYPTRRTLCSSDRGCKKGWMDPQSKGIQTGRCVVYEGNQKTCEVSAWCPIEAVEEAPRPALLNSAENFTVLIKNNIDFPGHNYTTRNILPGLNITCTFHKTQNPQCPIFRLGDIFRETGDNFSDVAIQGGIMGIEIYWDCNLDRWFHHCRPKYSFRRLDDKTTNVSLYPGYNFRYAKYYKENNVEKRTLIKVFGIRFDILVFGTGGKFDIIQLVVYIGSTLSYFGLAAVFIDFLIDTYSSNCCRSHIYPWCKCCQPCVVNEYYYRKKCESIVEPKPTLKYVSFVDESHIRMVNQQLLGRSLQDVKGQEVPRPAMDFTDLSRLPLALHDTPPIPGQPEEIQLLRKEATPRSRDSPVWCQCGSCLPSQLPESHRCLEELCCRKKPGACITTSELFRKLVLSRHVLQFLLLYQEPLLALDVDSTNSRLRHCAYRCYATWRFGSQDMADFAILPSCCRWRIRKEFPKSEGQYSGFKSPY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

Entity 3 non-polymer

描述 description	(1s,3R,4R,6r,8S,9S)-N'-(2-chlorophenyl)-3,4,8,9-tetramethyltetracyclo[4.4.0.0~3,9~.0~4,8~]decane-1-carbohydrazide
分子量 formula_weight	358.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 7 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
分子量 formula_weight	486.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 8 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	21

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 9 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	273

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.53 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	190425

fit	/app/data/saxs_computation/e3/9e3p/9e3p.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e3/9e3p/9e3p.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e3/9e3p/9e3p.dat

Cryo-EM structure of the human P2X7 receptor in the UB-MBX-46-bound inhibited state

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 branched

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

来源 Source

Entity 9 non-polymer

Entity 10 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)