9e5w

Proline utilization A (PutA) from Sinorhizobium meliloti inactivated by N-propargylglycine

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 121.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9e5w
沉积日期 deposition_date	2024-10-28
结构标题 title	Proline utilization A (PutA) from Sinorhizobium meliloti inactivated by N-propargylglycine
关键词 keywords	BETA/ALPHA BARREL, FLAVOENZYME, PROLINE CATABOLISM, OXIDOREDUCTASE, OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex; OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.18 Å
零角强度 I(0) i0	992481000.00
分子量 molecular_weight	255330.0 kDa
排除体积 excluded_volume	318180 Å³
包络体积 envelope_volume	400240 Å³
水化壳体积 shell_volume	79488 Å³
包络直径 envelope_diameter	124.2 Å
壳层 Rg shell_rg	48.81 Å
包络 Rg envelope_rg	39.06 Å
形状 Rg shape_rg	40.18 Å
总 Rg total_rg	40.59 Å
总原子数 total_atoms	17951
残基数 n_residues	2414
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	121.6 Å
Rg (实空间) rg_real	40.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.9250e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6560e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	992700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8955
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	56.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.036
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.617
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	264500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.959; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.785

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Bifunctional protein PutA
分子量 formula_weight	131961.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.5.5.2,1.2.1.88
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	19524

SMMSPNPLQKPAIDAAPAPFADFAPPVRPQSTLRRAITAAYRRPETECLPPLVEAATQSKEIRDAAASTARKLIEALRGKHSGSGVEGLVQEYSLSSQEGVALMCLAEALLRIPDTATRDALIRDKIADGNWKSHLGGSRSLFVNAATWGLVVTGKLTSTVNDRSLAAALTRLISRCGEPVIRRGVDMAMRMMGEQFVTGETIREALKRSKELEEKGFSYSYDMLGEAATTAADAERYYRDYESAIHAIGKASAGRGIYEGPGISIKLSALHPRYSRAQAARVMGELLPRVKALALLAKNYDIGLNIDAEEADRLELSLDLLEVLCLDGDLSGWNGMGFVVQAYGKRCPFVLDFIIDLARRSGRRIMVRLVKGAYWDAEIKRAQLDGLADFPVFTRKIHTDVSYIACAAKLLAATDVVFPQFATHNAQTLAAIYHMAGKDFHVGKYEFQCLHGMGEPLYEEVVGRGKLDRPCRIYAPVGTHETLLAYLVRRLLENGANSSFVHRINDPKVSIDELIADPVEVVRAMPVVGAKHDRIALPAELFGDARTNSAGLDLSNEETLASLTEALRESAAMKWTALPQLATGPAAGETRTVLNPGDHRDVVGSVTETSEEDARRAVRLAADAAPDWAAVPPSERAACLDRAAELMQARMPTLLGLIIREAGKSALNAIAEVREAIDFLRYYAEQTRRTLGPGHGPLGPIVCISPWNFPLAIFTGQIAAALVAGNPVLAKPAEETPLIAAEGVRILREAGIPASALQLLPGDGRVGAALVAAAETAGVMFTGSTEVARLIQAQLADRLSPAGRPIPLIAETGGQNAMIVDSSALAEQVVGDVITSAFDSAGQRCSALRVLCLQEDVADRILTMLKGALHELHIGRTDRLSVDVGPVITSEAKDNIEKHIERMRGLGRKVEQIGLASETGVGTFVPPTIIELEKLSDLQREVFGPVLHVIRYRRDDLDRLVDDVNATGYGLTFGLHTRLDETIAHVTSRIKAGNLYINRNIIGAVVGVQPFGGRGLSGTGPKAGGPLYLGRLVTTAPVPPQHSSVHTDPVLLDFAKWLDGKGARAEAEAARNAGSSSALGLDLELPGPVGERNLYTLHARGRILLVPATESGLYHQLAAALATGNSVAIDAASGLQASLKNLPQTVGLRVSWSKDWAADGPFAGALVEGDAERIRAVNKAIAALPGPLLLVQAASSGEIARNPDAYCLNWLVEEVSASINTAAAGGNASLMAIG

来源 Source

来源生物 organism	Sinorhizobium meliloti
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	382
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	N-propargylglycine-modified flavin adenine dinucleotide
分子量 formula_weight	898.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	663.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	FORMIC ACID
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 8 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1444

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	100.848 Å
晶胞边长 b length_b	101.967 Å
晶胞边长 c length_c	126.567 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.50 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.520 Å
最低分辨率 resolution_low	47.000 Å
R 因子 r_factor	0.1916
R_work r_work	0.1906
R_free r_free	0.2108

fit	/app/data/saxs_computation/e5/9e5w/9e5w.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e5/9e5w/9e5w.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e5/9e5w/9e5w.dat