9e6h

Cryo-EM structure of Maackia amurensis seed Leukoagglutinin (lectin), MASL

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 98.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9e6h
沉积日期 deposition_date	2024-10-30
结构标题 title	Cryo-EM structure of Maackia amurensis seed Leukoagglutinin (lectin), MASL
关键词 keywords	Seed Lectin, Maackia amurensis, N-linked glycosylation, Intersubunit Disulphide bridge, leukoagglutinin, SUGAR BINDING PROTEIN; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.78 Å
零角强度 I(0) i0	207786000.00
分子量 molecular_weight	114870.0 kDa
排除体积 excluded_volume	143310 Å³
包络体积 envelope_volume	183000 Å³
水化壳体积 shell_volume	48363 Å³
包络直径 envelope_diameter	99.6 Å
壳层 Rg shell_rg	38.86 Å
包络 Rg envelope_rg	30.48 Å
形状 Rg shape_rg	30.77 Å
总 Rg total_rg	31.49 Å
总原子数 total_atoms	8106
残基数 n_residues	978
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	98.2 Å
Rg (实空间) rg_real	31.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0780e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7890e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	207800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8995
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	42.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.129
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.497
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	67230000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.939; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.887

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Seed leukoagglutinin
分子量 formula_weight	31321.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	8106

MATSNSKPTQVLLATFLTFFFLLLNNVNSSDELSFTINNFVPNEADLLFQGEASVSSTGVLQLTRVENGQPQQYSVGRALYAAPVRIWDNTTGSVASFSTSFTFVVKAPNPDITSDGLAFYLAPPDSQIPSGSVSKYLGLFNNSNSDSSNQIVAVEFDTYFGHSYDPWDPNYRHIGIDVNGIESIKTVQWDWINGGVAFATITYLAPNKTLIASLVYPSNQTTFSVAASVDLKEILPEWVRVGFSAATGYPTEVETHDVLSWSFTSTLEANCDAATENNVHIARYTA

Entity 2 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.84 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	2656977

fit	/app/data/saxs_computation/e6/9e6h/9e6h.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e6/9e6h/9e6h.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e6/9e6h/9e6h.dat