9e6i

Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae Pmt4-Ccw5 complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 128.0 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9e6i
沉积日期 deposition_date	2024-10-30
结构标题 title	Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae Pmt4-Ccw5 complex
关键词 keywords	Pmt4, O-mannosylation, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.71 Å
零角强度 I(0) i0	376166000.00
分子量 molecular_weight	170160.0 kDa
排除体积 excluded_volume	217320 Å³
包络体积 envelope_volume	285610 Å³
水化壳体积 shell_volume	60067 Å³
包络直径 envelope_diameter	126.4 Å
壳层 Rg shell_rg	45.81 Å
包络 Rg envelope_rg	37.88 Å
形状 Rg shape_rg	38.69 Å
总 Rg total_rg	39.23 Å
总原子数 total_atoms	12080
残基数 n_residues	1471
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	128.0 Å
Rg (实空间) rg_real	39.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.99 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7620e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.2870e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	376200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6789
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	54.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.124
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.495
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	32140000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.902; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.062; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.933

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Dolichyl-phosphate-mannose--protein mannosyltransferase 4
分子量 formula_weight	88061.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.1.109
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	12080

MSVPKKRNHGKLPPSTKDVDDPSLKYTKAAPKCEQVAEHWLLQPLPEPESRYSFWVTIVTLLAFAARFYKIWYPKEVVFDEVHFGKFASYYLERSYFFDVHPPFAKMMIAFIGWLCGYDGSFKFDEIGYSYETHPAPYIAYRSFNAILGTLTVPIMFNTLKELNFRAITCAFASLLVAIDTAHVTETRLILLDAILIISIAATMYCYVRFYKCQLRQPFTWSWYIWLHATGLSLSFVISTKYVGVMTYSAIGFAAVVNLWQLLDIKAGLSLRQFMRHFSKRLNGLVLIPFVIYLFWFWVHFTVLNTSGPGDAFMSAEFQETLKDSPLSVDSKTVNYFDIITIKHQDTDAFLHSHLARYPQRYEDGRISSAGQQVTGYTHPDFNNQWEVLPPHGSDVGKGQAVLLNQHIRLRHVATDTYLLAHDVASPFYPTNEEITTVTLEEGDGELYPETLFAFQPLKKSDEGHVLKSKTVSFRLFHVDTSVALWTHNDELLPDWGFQQQEINGNKKVIDPSNNWVVDEIVNLDEVRKVYIPKVVKPLPFLKKWIETQKSMFEHNNKLSSEHPFASEPYSWPGSLSGVSFWTNGDEKKQIYFIGNIIGWWFQVISLAVFVGIIVADLITRHRGYYALNKMTREKLYGPLMFFFVSWCCHYFPFFLMARQKFLHHYLPAHLIACLFSGALWEVIFSDCKSLDLEKDEDISGASYERNPKVYVKPYTVFLVCVSCAVAWFFVYFSPLVYGDVSLSPSEVVSREWFDIELNFSK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

Entity 2 polymer

描述 description	Cell wall mannoprotein CIS3
分子量 formula_weight	1556.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

TSTNATSSSCATPSLK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

Entity 3 non-polymer

描述 description	(3R)-3,31-dimethyl-7,11,15,19,23,27-hexamethylidenedotriacont-31-en-1-yl dihydrogen phosphate
分子量 formula_weight	644.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	93521

fit	/app/data/saxs_computation/e6/9e6i/9e6i.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e6/9e6i/9e6i.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e6/9e6i/9e6i.dat

Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae Pmt4-Ccw5 complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)