9e71

Cryo-EM structure of the Pyrobaculum calidifontis 70S ribosome

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 302.6 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9e71

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9e71
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9e71
沉积日期 deposition_date2024-10-31
结构标题 titleCryo-EM structure of the Pyrobaculum calidifontis 70S ribosome
关键词 keywordsRibosome, Translation, Hibernation, RNA; RIBOSOME
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier86.08
回转半径 Rg (电子) rg_electron87.79
零角强度 I(0) i0166813000000.00
分子量 molecular_weight2415400.0 kDa
排除体积 excluded_volume2581200 ų
包络体积 envelope_volume4183000 ų
水化壳体积 shell_volume365020 ų
包络直径 envelope_diameter276.4
壳层 Rg shell_rg101.50
包络 Rg envelope_rg85.97
形状 Rg shape_rg87.90
总 Rg total_rg87.61
总原子数 total_atoms163545
残基数 n_residues12767
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax302.6
Rg (实空间) rg_real88.67
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.59
I(0) (实空间) i0_real1.6590e+11
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.2480e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal87.44
I(0) (倒空间) i0_reciprocal167500000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9030
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary100.8
偏度 Skewness skewness0.375
峰度 Kurtosis kurtosis0.001
角度范围 angular_range— – 0.0900 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.1510
最高正则化参数 α highest_alpha7490000000.0000
实空间数据点数 n_real_points19
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.803; Stabil: 0.905; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.914; Smooth: 0.715

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (72)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)