9e7d

Crystal structure of HIV-1 RRE SLII A31C mutant in complex with Fab BL3-6

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 148.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9e7d
沉积日期 deposition_date	2024-11-01
结构标题 title	Crystal structure of HIV-1 RRE SLII A31C mutant in complex with Fab BL3-6
关键词 keywords	HIV-1, Replication, Fab, Chaperone, Rev response element, RNA; RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.78 Å
零角强度 I(0) i0	476183000.00
分子量 molecular_weight	141240.0 kDa
排除体积 excluded_volume	161010 Å³
包络体积 envelope_volume	252010 Å³
水化壳体积 shell_volume	52736 Å³
包络直径 envelope_diameter	148.6 Å
壳层 Rg shell_rg	45.32 Å
包络 Rg envelope_rg	39.60 Å
形状 Rg shape_rg	40.62 Å
总 Rg total_rg	41.37 Å
总原子数 total_atoms	9736
残基数 n_residues	1026
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	148.2 Å
Rg (实空间) rg_real	43.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.7620e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.6050e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	476100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8862
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	48.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.313
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.417
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.887; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.875

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Rev response element SLIIc
分子量 formula_weight	23237.9 kDa
突变 mutation	A31C
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	R,C
原子数 atom_count	9736

GGCACUAUGGGCGCAGCGUCAAUGACGCUGCCGGUACAGGCCAGACAAGAAACACUUGUCUGAUAUAGUGCC

Entity 2 polymer

描述 description	BL3-6 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	24766.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,A

EISEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFYISYSSIHWVRQAPGKGLEWVASISPYSGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARQGYRRRSGRGFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	BL3-6 Fab light chain
分子量 formula_weight	23394.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,B

SDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASSLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYSFPSTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	72.874 Å
晶胞边长 b length_b	75.871 Å
晶胞边长 c length_c	83.516 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	63.17 °
晶胞夹角 β angle_beta	71.85 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	77.75 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.110 Å
最低分辨率 resolution_low	34.200 Å
R 因子 r_factor	0.2497
R_work r_work	0.2458
R_free r_free	0.3290

fit	/app/data/saxs_computation/e7/9e7d/9e7d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e7/9e7d/9e7d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e7/9e7d/9e7d.dat

Crystal structure of HIV-1 RRE SLII A31C mutant in complex with Fab BL3-6

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)