9e7e

Crystal structure of HIV-1 RRE SLII A31CG39C mutant in complex with Fab BL3-6

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 202.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9e7e
沉积日期 deposition_date	2024-11-01
结构标题 title	Crystal structure of HIV-1 RRE SLII A31CG39C mutant in complex with Fab BL3-6
关键词 keywords	HIV-1, Replication, Fab, Chaperone, Rev response element, RNA; RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	59.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	56.40 Å
零角强度 I(0) i0	1828980000.00
分子量 molecular_weight	282330.0 kDa
排除体积 excluded_volume	321930 Å³
包络体积 envelope_volume	558760 Å³
水化壳体积 shell_volume	86136 Å³
包络直径 envelope_diameter	214.4 Å
壳层 Rg shell_rg	55.45 Å
包络 Rg envelope_rg	55.27 Å
形状 Rg shape_rg	56.18 Å
总 Rg total_rg	56.94 Å
总原子数 total_atoms	19460
残基数 n_residues	2052
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	202.3 Å
Rg (实空间) rg_real	59.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.11 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8290e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.8520e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	59.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1827000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8728
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	70.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.485
峰度 Kurtosis kurtosis	0.015
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	55180000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.827; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.866

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	BL3-6 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	24766.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,A,D,G
原子数 atom_count	19620

EISEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFYISYSSIHWVRQAPGKGLEWVASISPYSGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARQGYRRRSGRGFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	BL3-6 Fab light chain
分子量 formula_weight	23394.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,B,E,I

SDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASSLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYSFPSTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Rev Response Element SLII A31C/G39C
分子量 formula_weight	23197.9 kDa
突变 mutation	A31C, G39C
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	R,C,F,O

GGCACUAUGGGCGCAGCGUCAAUGACGCUGCCGGUACACGCCAGACAAGAAACACUUGUCUGAUAUAGUGCC

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	160

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	84.369 Å
晶胞边长 b length_b	95.645 Å
晶胞边长 c length_c	111.239 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	77.48 °
晶胞夹角 β angle_beta	76.34 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	74.25 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.750 Å
最低分辨率 resolution_low	49.660 Å
R 因子 r_factor	0.2513
R_work r_work	0.2503
R_free r_free	0.2930

fit	/app/data/saxs_computation/e7/9e7e/9e7e.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e7/9e7e/9e7e.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e7/9e7e/9e7e.dat

Crystal structure of HIV-1 RRE SLII A31CG39C mutant in complex with Fab BL3-6

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)