9e7o

Pfs230 D13D14 in complex with nanobody W2810

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 79.2 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9e7o
沉积日期 deposition_date	2024-11-03
结构标题 title	Pfs230 D13D14 in complex with nanobody W2810
关键词 keywords	6-cysteine protein, Plasmodium falciparum, malaria transmission, nanobody, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.27 Å
零角强度 I(0) i0	34185700.00
分子量 molecular_weight	44969.0 kDa
排除体积 excluded_volume	56076 Å³
包络体积 envelope_volume	68037 Å³
水化壳体积 shell_volume	23878 Å³
包络直径 envelope_diameter	80.5 Å
壳层 Rg shell_rg	31.08 Å
包络 Rg envelope_rg	24.30 Å
形状 Rg shape_rg	24.26 Å
总 Rg total_rg	25.13 Å
总原子数 total_atoms	3176
残基数 n_residues	399
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.2 Å
Rg (实空间) rg_real	25.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4190e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.0090e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	34190000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9065
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.272
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.570
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5509000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.958; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.965; Smooth: 0.942

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Nanobody W2810
分子量 formula_weight	13666.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3334

QVQLQESGGGLVQAGGSLRLSCAASGRTFSSYAMGWFHQAPGKEREFVASISWSGGSIRYADSVKGRFTVSRDNAKNTAYLQMNSLKPEDTGVYYCAAGPYSSDYGGFGSWGQGTQVTVSSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Gametocyte surface protein P230
分子量 formula_weight	33375.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GASKKTIGKDICKYDVTTKVATCEIIDTIDSSVLKEHHTVHYSITLSRWDKLIIKYPTNEKTHFENFFVNPFNLKDKVLYNYNKPINIEHILPGAITTDIYDTRTKIKQYILRIPPYVHKDIHFSLEFNNSLSLTKQNQNIIYGNVAKIFIHINQGYKEIHGCDFTGKYSHLFTYSKKPLPNDDDICNVTIGNNTFSGFACLSHFELKPNNCFSSVYDYNEANKVKKLFDLSTKVELDHIKQNTSGYTLSYIIFNKESTKLKFSCTCSSNYSNYTIRITFDPNYIIPE

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum 3D7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	36329
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	128

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	135.494 Å
晶胞边长 b length_b	62.824 Å
晶胞边长 c length_c	56.481 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.92 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.930 Å
最低分辨率 resolution_low	39.920 Å
R 因子 r_factor	0.2158
R_work r_work	0.2138
R_free r_free	0.2540

fit	/app/data/saxs_computation/e7/9e7o/9e7o.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e7/9e7o/9e7o.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e7/9e7o/9e7o.dat

Pfs230 D13D14 in complex with nanobody W2810

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 branched

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)