9e9n

Ligand Free Putative Ancestral Protein Tyrosine Phosphatase ShufPTP - Lowest p-loop Conformation

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 47.5 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9e9n
沉积日期 deposition_date	2024-11-08
结构标题 title	Ligand Free Putative Ancestral Protein Tyrosine Phosphatase ShufPTP - Lowest p-loop Conformation
关键词 keywords	phosphatase, inhibitor, ASR, CSO, Oxidized Cystine, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.44 Å
零角强度 I(0) i0	5139850.00
分子量 molecular_weight	16984.0 kDa
排除体积 excluded_volume	21529 Å³
包络体积 envelope_volume	22943 Å³
水化壳体积 shell_volume	13377 Å³
包络直径 envelope_diameter	48.6 Å
壳层 Rg shell_rg	20.45 Å
包络 Rg envelope_rg	14.74 Å
形状 Rg shape_rg	14.44 Å
总 Rg total_rg	15.59 Å
总原子数 total_atoms	1196
残基数 n_residues	148
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	47.5 Å
Rg (实空间) rg_real	15.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.06 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.9870e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.1860e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5140000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7199
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	0
主峰位置 r_peak_primary	— Å
偏度 Skewness skewness	0.174
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.314
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	10.7400
最高正则化参数 α highest_alpha	1358000.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.925; Stabil: 0.933; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.813

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	ShufPTP
分子量 formula_weight	17429.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1255

MWPSARFVDDNVAFSRMPTERELDEVAKDFDAVVVLVEEYELPYSLEEWKKRGVEVLHSPIPDFTAPSLEQLLEILRWIEARVREGKKVLIHCMGGLGRSGTVAVAWLMYSKGLPLREALRRVRSLRPGAVETYEQMEVLKELEKFLRSR

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	43

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7. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	85.637 Å
晶胞边长 b length_b	85.637 Å
晶胞边长 c length_c	32.191 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	1.940 Å
最低分辨率 resolution_low	37.080 Å
R 因子 r_factor	0.1805
R_work r_work	0.1778
R_free r_free	0.2312

fit	/app/data/saxs_computation/e9/9e9n/9e9n.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e9/9e9n/9e9n.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e9/9e9n/9e9n.dat

Ligand Free Putative Ancestral Protein Tyrosine Phosphatase ShufPTP - Lowest p-loop Conformation

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction